デジモンクロスウォーズ

中学1年生の工藤タイキは困っている人を放っておけないお人好し。ある日、彼は不思議なメロディと共に謎の声を耳にする。「もうすぐ死ぬ」と弱々しい声を聞き、励ますタイキの前に赤く輝くクロスローダーが現れた。

シャウトモンたちの住む微笑の里を再びバグラ軍が襲撃。助けてくれたタイキに、シャウトモンは今後も一緒に戦ってほしいと頼むが、タイキはアカリ、ゼンジロウのためにも人間の世界に帰ると言う。

仲間になったシャウトモンたちデジモンと、タイキ、アカリ、ゼンジロウ。一方、マッドレオモンの上司であるバグラ軍幹部・タクティモンが微笑みの里にドリモグモンを放ち、その刺激で里に巨大タケノコが出現する。

タイキが手に入れたのは、デジタルワールドのゾーンを支配する者の証「コードクラウン」だった。ネネが教えるとおり、次のゾーンへ移動したタイキたちは、海に浮かぶアイランドゾーンにたどり着いた。

コードクラウンの在りかがホエーモンの腹の中だと知ったネプトゥーンモンが、空中から巨大ポテDに紛れさせて爆弾を落とした。すると、島が動き始める。それは巨大なデジモン・ホエーモンだった。

別のゾーンで戦うキリハのもとに、謎の美少女・ネネがタイキたちの戦況を伝えにきた。その頃、島をシードラモンに囲まれたタイキたちは、とらわれているアーケロモンを残し、次のゾーンに行くかを話しあっていた。

マグマゾーンにやってきたタイキたちは温泉を見つけて喜ぶが、そこにバグラ軍のデスメラモンたちが現れ、タイキたちを捕まえようとする。だが一同は、やってきたドルルモンに助けられて事なきを得た。

洞窟全体を揺らしながら、背中の火山を噴火させて怒るエンシェントボルケーモンに、タイキは偽のクロスローダーを差し出して降参。それは、いったん捕まることでデジモンたちの牢獄の場所を知ろうという作戦だった。

戦場で仲間を裏切ったというドルルモンの話をするタクティモン。これに反発するタイキにタクティモンが壱の太刀を放ち、ドルルモンとタイキを捕らえた。一方、キリハはネネからタイキが処刑されると聞いていた。

仲間と共にレイクゾーンにやってきたタイキは、バグラ軍によって氷の湖に落とされたナイトモンを助けた。喜ぶナイトモンは、「姫が探す伝説のジェネラルが見つかった」とタイキたちを連れて城へ向かう。

ダウンしたタイキに代わり、ゼンジロウの指揮でクロスハートが団結するが、アカリはタイキの看病役をバステモンに取られて機嫌が悪い。一方、リリスモンは最終兵器・ダイペンモンと共に謎の鏡を手にしていた。

タイキたちは砂漠の広がるサンドゾーンにやってきた。かつての宝が眠っていると聞き、メンバーは宝探しを始めるが、地下のバグラ軍基地に落ちてしまう。そこにはバグラ軍の三元士の1人、ブラストモンがいた。

遺跡から出たタイキたちをバアルモンが銃撃。埋もれていた女神像の姿を見たバアルモンは、正々堂々と戦い始める。一方、ブラストモンと戦うキリハとネネは、タイキがコードクラウンを入手したと知って立ち去る。

倒れたバアルモンをかばうも敵に囲まれてしまうタイキたち。現れたファラオモンと共にせり出す地面に乗って上空へ逃れると、ファラオモンからクロスローダーを使えばバアルモンを助けられるかもしれないと聞く。

タイキたちは、リリスモンにより天使系デジモンの住むヘブンゾーンへ飛ばされた。そこは、バグラ軍も手が出せないほど警察の力が強く防衛力に優れたゾーンだったが、警察の管理は度を超した恐ろしいものだった。

ルーチェモンは、ゾーンのデジモンに推されて新しい大統領に就任することが決まった。だが、現れた選挙管理委員のシャッコウモンが任命すると、大統領・ルーチェモンは隠していた邪悪な正体を現す。

巨大化したルーチェモンにとらわれたネネ。助けると言うタイキに応え、シャウトモンたちはルーチェモンを攻撃。そこへネネを慕うスパロウモンが突っ込んでくるが、激しい攻撃もルーチェモンにはまるで効かない。

ゾーン移動してきて空の上に飛び出たタイキたち。落下中にタイキとシャウトモンたちと、アカリとゼンジロウたちは二手に分かれてしまう。落ちた所は強力なデジモンが生息する大密林の世界・フォレストゾーンだった。

ダークナイトモンとネネは、森の聖地へ最強デジモンであるデッカードラモンを探しに向かう。後を追うクロスハートだが、聖地へ行くにはアカリとゼンジロウが伝説のラブラブダンスを踊らなくてはならなかった。

ゾーン移動中にダークナイトモンにさらわれるタイキだったが、彼の心に暗黒の力がないことがわかると用無しとして解放される。タイキが合流したクロスハートは、ゴミだらけのダストゾーンに降り立った。

ダークナイトモンに追い詰められるが、ピノッキモンの先導で廃墟の工場に逃れるタイキたち。そこにスパロウモンが来て「ダークナイトモンがネネを牢獄に閉じ込めた」と言い、ダークナイトモンの計略が明らかとなる。

通りかかる者全てを食ってしまうデジモン、アルカディモンに捕まったクロスハートのメンバー。リリスモンのたくらみで、ひとり空間の狭間を永遠に彷徨うことになったタイキだが、ある人物に拾われる。

モニタモンの故郷・シノビゾーンに到着したタイキたち。そこでもまたムシャモン配下のバグラ軍に襲われ、城と姫を奪われていた。ムシャモンは、「姫を返してほしければコードクラウンを差し出せ」と言う。

コードクラウンを手に入れたタイキたちは、ムシャモンの部下・シュリモンがタイキたちのいるモニタモンの里を攻撃してくることを知る。タイキたちは敵を引き止めるため里に残り、ゼンジロウらが姫の救出へ向かう。

タイキたちがやってきたディスクゾーンではコードクラウンを手にしたキリハと、横から奪おうとするブラストモンが争いを繰り広げていた。激しい戦闘にゾーンが崩れるのを避けるため、キリハを助けたいタイキだが…。

崩れる大地を前に、タイキの機転でプリズムゾーンの住人を連れてシノビゾーンに来たクロスハート。一同が安堵するなか、自分の力不足を感じていたシャウトモンは、バリスタモンと共にみんなに内緒で特訓を始める。

スパーダモンがタイキたちに助けを求め、お菓子のゾーン、スイーツゾーンに連れられてきた。そこもバグラ軍に占領され、超甘党のマタドゥルモンが、パティシエたちを城に閉じ込め自分の好きなお菓子を作らせていた。

町の地下へ滑り落ちてきたタイキたちは、襲ってくるレアモンたちから逃れ、捕らえられた町のデジモンやキュートモンの両親を探し始める。ようやく見つけた町のデジモンたちだが、データを吸い取られてしまっていた。

ソードゾーンに来たタイキたちをグレイドモン率いるバグラ軍剣士団が襲撃。X5で敵を倒し、タイキはゾーンのコードクラウンを手にする。すると瀕死のグレイドモンは黄金の善グレイドモンに再生し、姿を消した。

タイキ、ゼンジロウ、アカリとシャウトモンが東京に戻った。デジタルワールドで数々の冒険をしたはずなのに、戻ったのはデジタルワールドに旅立ったのと同じ日だった。そんななか、事態が一変する。

バグラ軍が支配するデジタルワールドに戻ってきたタイキとシャウトモン。やってきたドラゴンランドでは、バグラ軍屈強の兵士になるのを拒んで逃げるドラコモンを助けるが、タイキたちは程なく敵に囲まれてしまう。

デジクロスした合体ドルビックモンの攻撃にシャウトモンの進化が解かれ、そのピンチをデジモンに変装したネネが救った。スパロウモンとシャウトモンがデジクロスし、タイキたちはドルビックモンの追っ手から逃れる。

ヴァンパイアランドに来たタイキたちは、レディデビモンたちに追われるロップモンを救う。ロップモンは、この世界ではチョコモンからロップモンに進化するとヴァンパイア城に捕らえられてしまうと言う。

ネオヴァンデモンに追い詰められるが、ロップモンのプチツイスターで逃げたタイキたち。吸収されてしまったメタルグレイモンやロップモンのため、タイキとネネはネオヴァンデモンを倒そうと行動を起こす。

タイキたちが訪れた第三の国は、花畑の広がる美しいハニーランド。しかし空には赤いコードクラウンが不気味に浮かび、住民のデジモンたちは生気がない。そんな時、タイキたちはライラモンの叫び声を耳にする。

ハニービーモンとの戦いのなか、キリハたちは突然謎の少年から攻撃を受ける。一方、タイキたちのもとにハニー遊園地への招待状が届いた。わなと知りつつもキリハに連絡を取り、ある作戦を実行すべく遊園地へ向かう。

ハニーランドでネネの弟・ユウに似た人を見たと話すキリハ。これを受け、ネネはユウを必死で探し始める。しかし、見つけたユウはネネとタイキが止めるのも聞かず、ツワーモンと共にどこかへ消えてしまう。

タイキたちが来たデスゾーン第四の国・サイバーランドでは空から監視していたホエーモンがタイキたちに向けてアンドロモン軍団を転送してきた。タイキたちはシャウトモンX4とグレイモン、メルヴァモンで対抗する。

突然攻撃してきた偽ドルルモンに混乱するタイキたち。偽ドルルモンが率いるメタルティラノモン軍団を撃退した途端、偽ドルルモンはバグラ軍に寝返ったふりをしてデスジェネラルを探そうとしていた、と言い訳をする。

移動空間から抜け出たタイキたちは、金色の海が広がるゴールドランドに放り出され、そこへ海賊船に乗ったデスジェネラル・金賊のオレーグモンが出現。オレーグモンは「仲間にならないか」と持ちかける。

キリハはダークボリューモンとなったバリスタモンへ攻撃を仕掛け、必死にかばうΩシャウトモンをダークボリューモンが攻撃。するとオレーグモンは、タイキ以外のクロスハートのメンバーを竜巻で吹き飛ばしてしまう。

第六の国・キャニオンランドには長い城壁が果てしなく続き、その内部をタイキやキリハたちが偵察する。そこには何百ものバグラ軍兵士が揃っていた。その時、デスジェネラル・土神のグラビモンが現れる。

メタルグレイモンでタイキたちを襲うキリハは、X5で対抗するタイキに超進化Zグレイモンでさらなる攻撃に出る。シャウトモンも超進化でΩシャウトモンになり両者が激突。しかし戦いは互角で、双方の超進化が解ける。

シャウトモンX7はグラビモンを圧倒し、ついに倒した。だが、グラビモンの城に潜入したハイビジョンモニタモンにより、グラビモンが復活していることが判明。「コア」がある限り、何度でも再生できるのだった。

最後となる七つ目の国・ブライトランドにたどり着いたタイキたちは、デスジェネラル・アポロモンによって地に打ちつけられたデジモンたちを発見。みんなを救うためにもアポロモンを倒そうと意気込む。

タイキたちが落ちた暗黒の穴。そこはブライトランドの地底、ヘルズフィールドだった。間近に見える白い城に向かい、映し出されたユウの姿と話をするタイキたち。白い城との間に、地獄を挟んで黒い城がそびえ立つ。

躊躇なく襲ってくるユウに対して剣を取るタイキだが、本気になれずユウに押されるばかり。一方、シャウトモンX5はダークナイトモンと必死に戦い、ベルゼブモンとメルヴァモンは合体リリスモンを相手に戦っていた。

ユウを救出し、タイキたちはヘルズゾーンを脱出しようとするが、タイキかユウのどちらかが死ななければ脱出できないプログラムが仕組まれていた。一方、逃げ出したユウはツワーモンからあることを聞かされていた。

ベルゼブモンを失い、ブライトランドに戻ってきたタイキたちは改めてデジタルワールドを救う決意をする。そんななか、アポロモンウィスパードがブライトランド各地に捕らえたデジモンたちを消し去ろうとしていた。

アポロモンウィスパードを倒し、7人のデスジェネラル全てを倒したタイキたちはバグラ軍の本拠地・大魔殿に到着。だがそこはダークナイトモンが作った偽の城で、ダークナイトモンは7人のデスジェネラルを復活させる。

デスジェネラル7人から一斉に攻撃を受けるシャウトモンX3。そこには、タイキと心を通じあわせたはずのオレーグモンとアポロモンも加わっていた。そんな2人に、タイキが攻撃に耐えながら必死に語りかける。

敵デジモンを倒しつつ、タイキたちはバグラモンのいる大魔殿を目指す。一方、大魔殿の一角に閉じ込められたユウは、ダークナイトモンからデジタルワールドの戦いはゲームではなかったことを聞かされる。

シャウトモンたちをクロスローダーに入れて逃げるキリハとネネ。そんな2人をダークネスバグラモンが執拗に追う。一方、タイキはとらわれたユウを救出したが、ユウは今までの自分の行動に強いショックを受けていた。

人間界を征服すべく降り立つダークネスバグラモン。一方、アカリとゼンジロウに助けられたタイキ、キリハ、ネネもまた人間界に戻り、オメガモンら伝説のデジモンのデジメモリと共にバグラモンを倒す決心をしていた。

デジタルワールドで起こった戦いは人間とデジモンたちが勝利した。1年後。ストリートバスケチーム「クロスハート」の明石タギルは、尊敬する先輩・工藤タイキを追い抜いてスーパースターになることを目指していた。

記録が伸びずに悩んでいる水泳部の少年。彼の背後に何者かの影が迫っていた。学校の屋上でタギルは、かつてタイキとユウたちがデジタルワールドと呼ばれる異世界でデジモンと共に戦っていたと聞かされ驚がくする。

大会に向けてロボット作りに没頭するロボット部の部員たち。そこへピノッキモンというデジモンからビデオメッセージが届く。ピノッキモンはギガブレイクドラモンの設計図を見せ、これを作れば優勝できると言う。

他校の生徒とのバスケットボールの試合に挑むタギルたちだが、ユウの様子がおかしい。ユウはタギルとガムドラモンの楽しげな姿を見て、デジタルワールドでの戦いで失ってしまった仲間・ダメモンを思い出していた。

リョウマ、レン、アイルの3人がいつものようにデジモンハントに興じていた。デジモンを得意のわなにかけ、次々とハントしていくアイルだったが、かわいくないデジモンには途端に興味を失ってしまう。

朝から剣道の稽古に励んでいた剣崎ムサシは、突然デジクオーツに飲み込まれてしまう。そこで出会ったデジモンのコテモンは、ムサシを上回る剣道の達人だった。ムサシはコテモンに稽古をつけてもらう。

試合の帰り道、お好み焼き屋に立ち寄ったタギルたちは、突然デジクオーツに入り込んでしまう。そこには、お好み焼きの匂いが好きだというパグモンとお好み焼きを作らされ続ける店主の姿があった。

タギルはドーベルモンを連れた少年ハンター・ヒデアキと出会う。彼は悪事を働くデジモンをハントし、問題を解決する代わりにお礼をもらう商売上手なハンターで、世界中に自分のたこ焼き屋を開くことが目標だと話す。

タイキは隣町の学校に進学したアカリと久々に再会。買い物に立ち寄ったスーパーで、超高級ホテルのビュッフェパーティのペア招待券に当選したアカリはタイキを誘った。そしてタギルは2人のデートを知るのだが…。

トレイルモンに乗って香港に来たタギル、タイキ、ユウ。3人を待っていたのは香港でアイドルとして活躍中のネネだった。タギルは感動のあまりネネに握手を求めるが、それをさえぎるようにバイクが突っ込んできた。

遅刻しそうになったタギルが大急ぎで学校に駆け込んだ。しかし教室に入ってみると、1時限目の体育は自習になっていた。いつもはやる気満々の杉本先生が、気の抜けたような姿になっていたからだ。

デジモンたちの世界・デジクオーツでラーメン屋を開くオーガモンとフーガモン。しかし客が来ないので、2人は人間の力を借りようと考える。空腹のタギルは、同級生のマサルの父が営むラーメン屋に寄ろうとするが…。

世界中の名所で撮った写真をタギルに見せるクラスメイトのキイチ。彼は、機関車型のデジモンであるロコモンに乗って世界中を旅していたのだった。鉄道が大好きなキイチは偶然、ロコモンと出会ったのだ。

タギルが手に入れた招待状には、すご腕のデジモンハンターたちが集い、超強力なデジモンを捕獲するというビッグイベントの開催場所が書いてあった。タギルはキイチのロコモンに乗り、タイキとユウと現地へ向かう。

転校が多いため友達ができないことで悩んでいるマコト。そんな彼の前にフェレスモンが現れる。自分も友達がいないと話すフェレスモンは、一緒に友達を作るため自分の指示に従うようマコトに告げた。

病院の近くにある電話ボックスでベルが鳴りだし、出てみると「助けて」と声が聞こえてきた。この心霊現象がデジモンに関係あると思ったタギルとユウは、野球部の助っ人をしているタイキを残して現地に向かう。

オメガモンが現れるという噂を聞き、ハントに向かうタギルとガムドラモン。だが、そこにいたのは着ぐるみをまとい別のデジモンに成り切る怪盗ベツモンだった。タイキたちも遅れて駆けつけたが…。

自分の考えたUMA=未確認動物を絵にすることが大好きなショウタ。その絵をタギルは評価するが、同級生のカズキにいるわけがないとばかにされてしまう。落ち込むショウタだったが、彼の前に不思議な光が現れる。

釣りをするため海にやってきたタイキ、タギル、ユウの3人。ユウはそこで、家族と一緒に海に遊びにきていたアイルと出会う。タギルが最初に釣竿をヒットさせるが、かかったのはサブマリモンだった。

カードバトル「シーモンスターカード」で全国1位を目指している中学生のヒロヤだが、うまくいかず悩んでいた。強いレアカードが欲しいのに、お小遣いが無くなったのだ。そんな彼の前に、あるデジモンが現れる。

街から大勢の子供が消えた。タイキとユウは、デジモンが関係しているのではと見て調査を開始。一方、デジモンハントに失敗して戻ってきたタギルは、ある遊園地に連れていってくれるデジモンがいるという噂を聞く。

裏山で黄金のクワガタが現れるという事件が発生。その取材現場に偶然居合わせたタギルは、ヒデアキと出会う。ヒデアキは黄金のクワガタを捕まえる気満々だが、タギルは興味がない。そこに黄金のクワガタが現れ…。

朝早くに時計屋のおやじが妙な行動をしているのを目撃し、気になっているタギルだったが、ひとまず学校へ向かう。しかし、そこにあった学校は姿を消し、デジクオーツのような状態になっていた。

クオーツモンによってデジクオーツと化した世界で、クロスローダーに守られていたタギルたちは反撃の準備に着手。時計屋のおやじが一同を集めたのは、タイキたちクロスハートがバグラモンと決着をつけた場所だった。

リョウマの裏切りによってブレイブスナッチャーは壊れ、タイキとシャウトモンは重傷を負う。タギルはリョウマを責めるが、全ての黒幕は、クオーツモンの端末で今までリョウマを操っていたアスタモンだった。