エレメントハンター

中学1年のレン、キアラ、ホミはこつ然と現れた幽霊城に気づき侵入する。するとアンドロイド(ユノ)が現れ、QEX(モンスター)が出現するネガアースへ送り込まれてしまう。ユノの指示で地球由来の元素(ポジ元素)を回収した3人は、謎の「おばちゃん(カー博士)」からエレメントハンターにならないかと誘われて…。

カー博士からエレメントハンターにならないかと誘われるが、うなずけないレンたち。博士は地球の状況をクイズ形式でレクチャーする。そこにQEアラートが! コロニーチームと初めて接触したレンたち。そして爆発に巻き込まれて死の恐怖を味わう。

エレメントハンターになる決心がつかないキアラとホミ。レンはしびれを切らして1人でネガアースに向かおうとする。ネガアースではコロニーチームがQEX相手に苦戦。その時、まほろばタウンで銀の元素消失が起きる。思い出の写真が消えたのを目の当たりにしたキアラとホミは…。

太平洋で大規模な酸素の消失が起きた。街頭テレビの前で地球を救う決意をするレンとキアラ。そこにユノから呼び出しが。ネガアースでは光合成する不思議なカンガルーがQEX化していた。コロニーチームもやってきて「素人は帰れ」と一喝。レンとキアラは悔しさにふるえる。そこにホミがやってきて…。

レンたちが向かったのはネガアースの北極点。3人は凍えるが、ブースターウェアを着たコロニーチームは平然。そこに、水素を求めて生物を襲うQEXが現れる。レンたちはQEX分解の作戦をたて実行しようとするが、コロニーチームにブースターウェアを着ていなければ命がなくなると指摘されて…。

アリーから送られたブースターウェアの性能は予想以上だった。一方、アリーは壁にぶち合たっていた。エレメントハンターになったのは自分の意思ではなく、親の期待に答えた結果だったことに気づいたのだ。その中、ネガアースに動かない宝石のようなQEXが出現。

養父に「お前にもできる」と言われる夢にうなされるホミは、体が弱く役に立たない自分が情けない様子。そんな中、ネガアースでは相手の恐怖の形になる泥のQEXが出現。ホミの前で養父の形になり、立ちつくすホミ。なんとか元気になってもらおうと画策するレン、キアラ、ユノ。その時、再びQEアラートがなり…。

金の元素消失が起きた。世界は大恐慌に陥る。政府はネガアースから金を取り戻そうとエレメントハンターを出動させる。調査中のコロニーチームを、黄金の甲虫QEXが襲う。速い動きに苦戦するコロニーチーム。そこにレンたちが現れ、虫好きのレンが甲虫の鉱物は「寿司酢」、そのにおいでおびき寄せることを提案して…。

活動になれてきた地球チーム。しかしレンは、元素回収にかまけて宿題は未提出、そして成績もガタ落ち。大目玉をくらっているとこに、QEアラートがなる。出現したのはヌタウナギ型のQEX。作戦実行は干潮時が最適だが、次の干潮は夜中…。こっそり抜け出そうとしたレンは父親に見つかってしまう!

オタクのトムは任務そっちのけで鉱物採集をしていた。そこにピンクの川のようなQEXが迫ってくる。シロアリにヘリウムが入り込んだのだ。レンたちは水素を使ってヘリウムを回収する作戦を立てたが、肝心の水素をまだもっていない。そこにトムが現れ…。

再び現れたカオリエリマキとの戦いに手間取るレンたち。しかしキアラには親友ナターシャとの約束があった。プロスケーターを目指すナターシャは元素消失のない町を求めて引っ越しを繰り返していて、日曜にまた転校するのだ。最後の別れの時間が近づいている時に、QEアラートがなる!

もうすぐ14歳になるアリーは、エレメントハンターの卒業が迫っていた。QEアラートで出動する両チーム。そこにはパイプウニQEX「センボンウニ」が! 対象の動きを正確に予想して電撃を撃ってくる。一緒に逃げ込んだ溶岩洞窟で、レンからカー博士のことを聞いてしまったアリーは、カー博士のことを調べ出すが…。

カー博士の情報を調べ続けるアリー。それに警戒する政府首脳部。そこへ過去に死亡事故を起こしたやっかいな植物QEXが目覚めた。何も知らずにネガアースに向かうレンたち。レンが先に植物QEXを発見し「楽勝」と挑み掛かる。

アリーはレンを助けるために爆発に巻き込まれた。不安なまま情報を待つレン。そこに臨時ニュースが流れ、「アリー殉職」が発表された。レンはアリーを死なせてしまったというトラウマで深く落ち込み、戦闘ができなくなる。殉職という情報に不審を抱いたカー博士は思いきった行動に出る。

戦闘できない自分にショックを受けるレン。すると突然ユノがコロニーからの脱出カプセルを回収しにいくと告げる。脱出カプセルに乗っているのはアリー! 狂喜するレン。しかし、脱出カプセルはパラシュートがうまく起動せず着水に失敗。カプセルの中のアリーは動かない。

新リーダーになったハンナは、政府に「プロジェクト」での自分の役割の大切さを強調し芸能活動の継続を認めさせ、ロドニーとトムを付き人としてこき使う。一方で、ネガアースでハンナは超人的な能力を発揮する。そのうえ、レンたちが苦労して化学反応させた元素をあっさりと横取りしてしまう! 性格も超人的だった!

QEX出動地点には高層ビルのような奇岩がそびえている。岩に空いた穴から出てきた正体不明の軟体動物にホミとレン、ハンナとトムがさらわれてしまう。幼虫の餌にされるのだ。残ったロドニーとキアラは協力して救助に向かう! そこには今までにはないQEXが!

アリーは生まれ故郷を訪ねるが、街は元素消失で消えていた。地球チームに協力する決意を固めたアリーは、みんなに感謝の気持ちを込めて料理を作る。しかし、その料理は…。カー博士はアリーに元素消失の原因についての自分の仮説を説明する。

無機生命体、石のバラQEXと対峙した。移動し繁殖するQEXを地底まで追うコロニーチーム。一方で地球チームはアリーの指示で地上待機させられる。結局再び地上に戻ったQEXを地球チームが攻撃し回収に成功する。しかし、地下でコロニーチームはネガアースにはあるはずのないものを発見していた…。

一度回収したはずの石のバラのQEXが再び出現。難なく回収を終えるレンたちだったが、そこにオオアリクイのような生物が現れキアラをさらってしまう。そしてキアラはオオアリクイの巣に連れていかれ、子どもたちの餌にされそうになる。

ネガアースでチータQEXに振り回されているレンたちの前に、コロニーチームが現れて華麗にCa元素を回収してしまった。帰還しようとポータルに戻るレンたちだが、その場所に謎の円盤形物体がいた。その謎の物体に攻撃されるレンたちやコロニーチーム。やっとラボに戻ったレンたちにユノが「かくれみの」を作るが…。

ラボで円盤形物体の中央にカリホルニウムの固まりが発見された。ネガアースに出動したレンたちはパンダQEXから臭素を回収。ホッとしたのも束の間、地面から液体金属が吹き出してネオQEXが現れるそんな中、キアラをロドニーがかばって絶体絶命になった時にネオQEXは突然停止し、液体金属となり地下に染みこみ…。

キアラの母親ナオミはアクション女優。その映画撮影現場でチタンの元素消失が起きた。その中、QEアラートで出動するとすばしこく手裏剣を撃ってくるムササビQEXが現れ、てんてこ舞いしているとそこにネオQEXが出現。一方、地球チームはネオQEXの足がBEC化していないバナジウムであることを突き止めるが…。

レンの父親、ダンは元素消失に巻き込まれ両足を骨折する。定食屋は母親のアンがひとりで切り盛りすることに。しかし、レンは任務に夢中で店を手伝おうとしない。キアラはそんなレンに怒りを感じている。地球チームがカメQEXと戦っていると、ネオQEXがまた現れる!ネオQEXは頭部を変化させて大砲を発射した!

ネオQEXの発した音は攻撃ではなくコンタクトだというレンの意見で、地球チームはコミュニケーションを試みることになった。一方で、コロニーでは意見が対立。そんな中、ネオQEXと接触したレンたちは銅鑼を鳴らしてコンタクトを試みた。最初は好意的な反応をしたようにみえたネオQEXだが…。

ネオQEXにとらえられたホミとハンナ。不思議な膜の中で、2人は子どもの頃の記憶を甦らせていた。母親に死なれ孤児になった2歳のホミは、次元フィルターローブはあるが心臓疾患のために地球に里子に出された。一方で、ハンナは「作られた子ども」「政府の道具」という呪縛を思い返している。目覚めた2人は…。

自分とハンナは兄弟でないかと思ったホミは、ハンナの髪のDNA鑑定をユノに頼んだ。ネガアースで、地球チームがカワセミQEX「コバルトソニドリ」と戦っていると、突然、ホミとそっくりなネオQEXが現れる。カー博士は、地中にいろんな形のネオQEXを作り出す知的生命体がいるのではないかと推測して…。

レンとホミの脳の中にあるナノポータルが活性化し知的生命体とのコンタクトに成功したが、キアラにはなんの変化もなかった。一方、政府はネオQEXの背後にはマグマの中に生息する生命体がいてコンタクトできれば元素消失の謎が解けると考えた。

「ポータルの中の未知の出口を見つける」というミッションをこなしているアリー。そこにレンたちが、シェイプシフターにもらったパーツを持って帰ってきた。3人の脳内情報から、シェイプシフターは分断された3つの部族がパーツを持っていることを読み取れた。

シェイプシフター第2の部族が出現した瞬間、雪崩が発生し、キアラとハンナがクレバスに落ちてしまった。そして現れたQEX「ヒョウガオウ」に2人は競い合って攻撃し、リチウムを回収する。ブリザードのために避難した洞窟で、キアラに身の上話をするハンナ。キアラは同情し心を許すが、それはハンナの作戦だった…。

2つのパーツの解析も進み、地球チームは3つ目のパーツ獲得に燃えていた。一方でカー博士の計画を阻止しようとする川嶋長官は1枚のチップをハンナに渡した。チップには、昔の実験事故の情報が入っていた。実験の責任者はカー博士で、事故で死亡した宇宙飛行士はレンの祖父だった。

シェイプシフターとのコンタクトを目指して地底探索を始めたレンたち。アリーは、ポータルの未知の出口を探してアプローチを続けているが思うようには進まない。一方、あくまで火星移住を進めようとする川嶋長官はシェイプシフターを爆破するようにハンナに命じる。

元素消失はますます激しくなるのに、解決の鍵になるパーツは失われていた。そんな中、ホミは希望を失わずにネガアースの大陸移動から失われたパーツが有りそうな場所を推測する。大人たちが希望を捨てたのに、前向きに挑戦を続けるレンたち。そして、アリーはポータルの中で未知の出口を発見する。だが、その瞬間…!

ネガアースから帰れなくなったエレメントハンターたち。アリーがポータルの中で未知の出口を認識し、アプローチしようとした瞬間にロックされてしまったのだ。アリーの見た出口の存在からポータルは3つあると推測し、その出口からレンたちを帰還させる方法を考えつくカー博士だが、それはユノの命と引き替えだった…。

「ネガアースに閉じ込められたエレメントハンターたちを救出するには、ユノをコアに送り溶解させるしかない…」という決定を政府とカー博士は下した。どうしてもユノが溶解消滅することが受け入れられないアリー。しかし、ユノをコアに送り込む準備は着々と進み、ユノは元気にカプセルに乗り込む…。

バッテリーはギリギリだが、とにかく行動しよう!と、レンたちは3つ目のパーツを探して海中に潜った。巨大な柱の迷路をくぐり抜けると、ダイヤの金庫の中にパーツを発見! パーツを取り出すが、キアラやレンのバッテリーが切れてしまう。そして、3つのパーツをあわせると、人型の映像が浮かび上がった。

コロニーではパーツの解析が進められ、元素消失を止める方法が判った。ユノが4000万年前のネガアースに流れ込んでシェイプシフターとともに長い時間をかけて解決方法を探り出し知らせてきたのだ。その方法とは、11次元に飛んで元素消失の原因を絶つこと。行けるのは脳にナノポータルを持つレンたち3人だけだった!

ポータルから次々にはじき出されるハンナ、トム、ロドニー。一方でレンたちは、次元の壁を越えて11次元に入り込んでいた。そんな理解出来ない世界に現れたのは、5歳の少女エイミー。そしてエイミーが「地球なんかなくなっちゃえ!」と叫ぶと元素消失が起こり、崩れ落ちるがれきの中から、ジゲンリュウが現れる!

元素消失が止まらず地球が最終段階を迎える中、レンたち3人は必死にエイミーを説得していた。しかし、エイミーは3人をよせつけない。そこに、エイミーの持っていたぬいぐるみから、幼い頃、両親を津波で失った悲しい記憶が流れ出してくる。そんな中、カー博士はレンたちに「私に体をください」と語りかけた…。