スーパーナチュラル：ザ・アニメーション

悪霊ハンターの兄弟、サムとディーンは失踪した父を捜す途中、夫が妻を殺害するという猟奇的殺人事件が相次ぐミズーリ州のとある街へと向かう。容疑者である夫たちは自分たちの犯行を裏付ける証拠がありながら、揃って無実を訴えているのだ。サムとディーンは、真犯人は彼らの「生霊」ではないかと考え、調査を始めるが・・・。

ある夫婦の乗った車が山道で事故に遭う。妻モリーが意識を取り戻したときにはすでに夫の姿はなく、森をさまよううちに何者かに襲われる。彼女はたまたま通りかかったサムとディーンに助けを求めるが、実は彼らは事故現場近辺で起こる霊現象の調査を行っているところだった。

サムの見たヴィジョンに導かれ、幼少時代を過ごした家を訪れたサムとディーン。そこに住む母と子は、頻繁に起こる不可解な現象に悩まされていた。これらの現象は悪霊の仕業であると考えた兄弟は手がかりを求め、二人の父が親しくしていたという霊媒師ミズーリを尋ねる。ミズーリの助力を得て家に取り憑く悪霊祓いに成功したと思われたその夜、母子は再び激しいポルターガイスト現象に襲われ・・・。

ニューオーリンズの郊外をインパラに乗って移動していたサムとディーンは、突然パトカーに追われ、逮捕されてしまう。頻発しているインパラによるひき逃げや追突事故の犯人と決め付けられた兄弟は問答無用で拘束されるが、署長の弟で副署長の警官マイケルに助けられ留置所から逃亡する。しかしマイケルが呟いた「犯人はもう人間ですらないのかも」という言葉が気になり、二人は彼に連絡を取るのだが・・・。

ある田舎町で牛が殺され血を抜き取られるという奇妙な事件が頻発していることを聞きつけ、現地へ向かうサムとディーン。そこでディーンは、いじめられっこの少年ライアンと出会う。ライアンの姿に過去の自分を重ねたディーンは、ライアンに格闘技を教えることにする。一方サムは、ヴァンパイア狩りを専門とする冷酷なハンター、ジェイソンを見かけ、彼を見張ることにしたのだが・・・。

物語の３年前、兄ディーンや父ジョンとのハンターとしての人生と決別し、大学で法律を学んでいたサムは、後の恋人ジェシカと出会う。そんな中、彼女の幼なじみ二人が相次いで目から血を流して死亡するという怪事件が起こり、魔の手はジェシカの背後にも忍び寄る。一方、ディーンとジョンは、ハンターとしてその事件を追っていた。

サムとディーンは、ハンター仲間のボビーから失踪中の父の手がかりを手に入れたという連絡を受ける。数年ぶりにボビーと再会した二人は、父の海兵隊時代の友人でハンターでもあったヘンダーソンの怪死事件を知る。父の手がかりを追い犯人を追及する３人は、やがて事件の背後に彼らの大切な存在を奪い続けた「悪魔」の存在を見出す。

シカゴ郊外で起こるブロンドで碧眼の若い女性を狙った連続殺人事件が、悪魔崇拝と関連があると考えたサムとディーンは、調査の過程で50年前から15年ごとに各地で同様の事件が起こっていることに気づく。さらに不思議なことに、最近起こった事件の現場で検出された指紋は、50年前に交通事故で死亡した女性のものだった。真相を究明するために女性の夫リチャードを訪ねる兄弟だったが・・・。

ラスベガスのカジノで“稼いで”いたディーンとサムの目の前で、シャンデリアが落下しディーラーが死亡する事故が起こり、それ以来ディーンは次々と不運な目に見舞われる。なんとディーンは日本の神の一人で、取り憑いた人間を死ぬまで不幸にし続ける「貧乏神」に祟られてしまったのだ！ エスカレートしていく不運から兄弟は逃れることはできるのか？

満月の前の夜中に娼婦たちが野犬に咬み殺される事件が続くなか、今度は弁護士の男が被害に遭う。狼男伝説との関連性を疑い調査をするサムとディーンは、被害者の部下であるマディソンを訪ねる。サムはマディソンに、今は亡き恋人ジェシカを重ね合わせ、彼女を守ることを決意するのだが、彼女には恐るべき秘密があった。

一人の男の死に関する予知夢を見たサムは、ディーンと共にある酒場を訪れるが、一歩及ばずその男は何者かに襲われて命を落としてしまう。事件への悪霊の関与を確信し、男の家族を訪ねた二人は息子のマックスに出会い、サムはマックスに親近感以上の何かを感じる。しかし、マックス自身が「とても幸せだった」という家族の裏には、隠された秘密があった。

サムとディーンが父ジョンを捜して旅をしている一方、ジョンは彼の妻を殺した存在の手がかりを求め、ミシガン州で22年前にメアリーと同じように火事で亡くなった女性の娘、リリーについて調査していた。そこで出会ったリリーの父親グレイから、火事のあった日にリリーが「黄色い目の男」に血を飲まされていた事実を知る。共にリリーの元を訪れた彼らに「黒い目をした者たち」が迫っていた。

ルイジアナ州のとある湖では、ここ数年、奇妙な水難事故が相次いでいた。事件に遭遇した者はみな口を揃えて「化け物にやられた」と言う。そして町では、ここ数年、農作物が不作で、ミツバチの大量死が確認されている。それらを悪魔の予兆であると考えたサムとディーンは、水難事故のあった湖周辺を調査し、悪魔につながる手がかりを見つけるのだが・・・。

連続猟奇事件が起きているコロラド州で、ハンター、ダニエル・エルキンスが殺された。この事件をヴァンパイアの仕業と考え現場へ向かったサムとディーンは、なんとそこで父ジョンと再会する。再会の喜びを味わう間もなく兄弟はジョンの指示により、共にエルキンスがヴァンパイアに奪われた銃「コルト」を取り返す作戦に乗り出す。しかし、サムは何も説明しようとないジョンに不満を抱かずにはいられなかった。

サムの見たヴィジョンに従い、サムとディーン、そしてジョンは車を走らせていた。いよいよ彼らの宿敵である、「黄色い目の悪魔」との決着をつけるときが迫っていた。しかしジョンは悪魔の仕掛けた罠にかかり、囚われの身となってしまう。果たして、サムとディーンはジョンを救うことができるのか。また宿敵「黄色い目の悪魔」を倒すことができるのか？

悪魔との戦いにより、瀕死の重傷をおったウィンチェスター一家。サムとジョンの意識は戻るが、ディーンは植物状態のままだ。身体から魂が離れたディーンは、病院内をさまよい、死神と出会う。死か、それとも霊となってこの世にとどまり、自分達が狩ってきた悪霊と同じになるか、決断を迫られるディーン。一方ジョンはディーンを救うべく、ある決断をくだしていた。

罪の意識にさいなまれ、自分の戦う理由を見失ったディーンは、苦悩の末訪ねたミズーリに手渡された写真に過去の記憶を呼び覚まされる。15年前、兄弟が通う学校の教師だったライルは、母のようにサムとディーンに接し、ウィンチェスター一家と家族同然の関係になっていた。しかしディーンは母メアリーを思い、ライルに対して素直になれずにいた。そんなライルにはジョンすらも気づかなかった秘密があった。

「ブラックドッグに殺される」との言葉を残し、建築家が自宅マンションから飛び降りて死亡した。宿敵である悪魔につながっている可能性があるか、真相を調査するサムとディーンは、10年前にも天才たちが同様の死を遂げていると知る。事件には命と引き換えに人間の願望を叶える「十字路の悪魔」が関与していると考えたサムとディーンは、次の犠牲者を救うために自らを危険に晒す大きな賭けに出る。

アフガニスタンで兵士として戦うジェイクは、サムと同じように22年前に火事で母親を失っていた。そんな彼には「黄色い目の悪魔」がつきまとい、彼の隠された能力の解放を促していたが、彼はそれを拒み続けていた。そんな中、彼の所属する部隊が敵に襲われ、壊滅状態に追い込まれる。目の前で倒れていく仲間を救うため、ジェイクはある決断をする。一方、サムとディーンはジェイクの故郷、セントルイスを訪れていた。

ディーンが目を覚ますと隣には見知らぬ女性がおり、彼女はディーンの妻だという。それだけでなく死んだはずの母親メアリーが生きており、サムは殺されたはずのジェシカと婚約したという。母の誕生日に集まり、共に祝うディーンたち。そんな、ごく普通の生活に戸惑いながらも幸せを感じ始めるディーンだったが、自分がいるその世界の真実に気づき、そして・・・。

悪魔たちの動きが活発になってきている中、サムがディーンの目の前で突如姿を消した。目を覚ましたサムは、リリー、ジェイクをはじめ特殊な能力を持つ者たちと共に、廃墟と化したゴーストタウンに集められたことを知る。そこでサムたちは、「黄色い目の悪魔」によって自分たちに課せられた過酷な運命と、その先にある恐るべき計画の全貌を知らされる。

悪魔たちの動きが活発になってきている中、サムがディーンの目の前で突如姿を消した。目を覚ましたサムは、リリー、ジェイクをはじめ特殊な能力を持つ者たちと共に、廃墟と化したゴーストタウンに集められたことを知る。そこでサムたちは、「黄色い目の悪魔」によって自分たちに課せられた過酷な運命と、その先にある恐るべき計画の全貌を知らされる