ロックマンエグゼ・ビースト

ロックマンはなりゆきで、迷い込んできた赤ん坊の姿をしたナビの面倒を見ることになった。ある日、現実世界に姿の見えない巨大な怪物が出現。2体いると思われるその怪物はデンサンタウンの街を破壊し始めた。

科学省とIPCに同時にアタックが仕掛けられたとの連絡を受け、現場へ急ぐロックマン、サーチマン、ブルース。ロールに預けられた赤ん坊ナビは、ロックマンにしか懐かず泣くばかりで、ロールたちは困り果てる。

ナビの実体化の新しい可能性となるコピーロイドの研究者・真琴に暗号化された謎のプログラムが届く。昔のよしみで、名人に暗号解読の協力を求め解読には成功するが、真琴はそれを見るなり研究室へ戻ってしまう。

一夜にして成長した赤ん坊ナビ・トリルにみんな驚くが、トリルは相変わらずロックマンにべったりだ。そんな時、幽霊船出没の一報が入り、熱斗は調査に向かう。ロックマンは幽霊を怖がるが、トリルは興味津々だ。

やいとが秋原小学校に再度転入。歓迎する熱斗たちを、やいとはガブゴン社で試作中の巨大映像装置を披露すべく開発ルームに招く。そこで未完成だった装置が暴走し、熱斗はロックマンをプラグインして停止を試みる。

ロックマンたちの前にバブルマンが出現。トリルをどこで見つけたのかと尋ねると、アメロッパ軍の古い軍事施設のサイバーワールドだと言う。アメロッパへと赴く炎山は、無人のはずの基地の中で1人の少女と出会う。

獣化したロックマンは、ゾアノロイドを倒した後も暴走を続け、インターネットシティを破壊していく。熱斗の必死の呼びかけも届かず、ロールとグライドがマヒ攻撃で獣化ロックマンの動きを止めようとするが失敗する。

熱斗のクラスに転校してきた謎の少女は男子の人気者になる。熱斗は少女からトリルとロックマンの関係を何度も問われて戸惑う。一方、インターネットシティ内ではナンバーマンが自分とうり二つのナビと遭遇していた。

サイバーワールドの秘密基地で、傷ついたゾアノフリーズマンが迷い込んできているのを見つけたアイスマン。自分を追い払おうとするゾアノフリーズマンだが、心配したアイスマンはゾアノフリーズマンを介抱する。

深海調査艇での仕事を担当することになった祐一朗と名人に付いて、熱斗とメイルが海にやってきた。しかし、その船のサイバーワールドにはトリルを狙うファルザーのゾアノロイド、ゲートマンが潜んでいた。

みたび獣化し、暴走したロックマンは深海艇のシステム内でゾアノゲートマンを追って暴れ回る。熱斗は途方に暮れるばかりだが、そこへゾアノゲートマンを助けるため新たなゾアノロイド・スワローマンが現れた。

トリルがネット警察で保護されているとの情報を得たファルザー、グレイガ両陣営は、トリル奪還のためゾアノロイドを次々とネット警察のサイバーワールドに送り込む。しかし炎山、デカオたちが見事に撃退した。

トリルの居所を突き止めたファルザー軍、グレイガ軍が獣化ウイルスの大軍と共に襲撃してきた。トリルを守るため戦うロックマンたちは、祐一朗の作戦で両軍をサイバーワールドの一角に閉じ込めることに成功するが…。

熱斗たちはビヨンダードへと通じる空間の裂け目に吸い込まれてしまう。ビヨンダードは現実空間と電脳空間が交じり合った不思議な世界だった。熱斗は実体化したウイルスに襲われそうになるが、バレル大佐に救われる。

熱斗たちとはぐれ、廃墟と化したビヨンダードを行く炎山とメイルは、荒野を走る貨物列車と遭遇。運転士の鉄国男とそのナビ・チャージマンと出会い、炎山たちは国男の列車である町にたどり着いた。

みんなとはぐれた熱斗は小さな漁村に来た。そこで獣化ウイルスに襲われていた少年・コジローを実体化ロックマンで救う。村では料理上手な女性・パクチーがコジローを助けてくれたお礼に、熱斗にごちそうを振る舞う。

熱斗たちを捜してビヨンダードの山中を彷徨うライカとディンゴの前に、仙人のような老人が出現。風の声を聞くことができ、熱斗の居所も知っていると話す老人をライカたちは信用するが、案内されたのは温泉街だった。

熱斗たちを捜して田舎町を訪れた炎山とメイルは、穴掘りでありリサイクル業者の土太郎とプレスに会う。そこへ裕福そうな女性が現れ、土太郎たちの腕を見込んで岩山の奥にある宝を掘り出してほしいと頼む。

パクチーの村で再会した熱斗、ライカ、ディンゴ。カレーの材料を探しに山へ出かけたディンゴは、湖のそばで潜水艦型のナビ・ダイブマンに襲われて獲物を横取りされ、ダイブマンを追って湖の城へ潜入するが…。

ディメンショナルエリア研究所に来てほしいとアイリスに頼まれ、パクチーの村を発つことになった熱斗たち。その道中、PETに祐一朗からの通信が入るがすぐに切れる。現実世界ではゾアノロイドが侵攻し始めていた。

ゾアノクラウドマン率いるファルザー軍が、ディメンショナルエリア研究所に総攻撃を仕掛けてきた。ロックマン、ロール、トマホークマンは実体化して戦い、炎山とライカは研究所の防衛システムを稼動させる。

ワイリー研究所へと向かう熱斗たちにファルザー軍のゾアノカットマンが襲いかかる。ロックマンたちは応戦するが、そこへキラーマンとそのオペレーター、ダーク・キリサキが現れゾアノカットマンをデリートした。

獣化因子に侵されたカーネルは今やグレイガ軍の戦士となり、戦果を挙げていた。廃墟と化した都市で、ワイリー研究所を目指す熱斗たちが遭遇したゾアノカーネルは、シンクロナイザーを奪取すべく執拗にトリルを狙う。

グレイガとファルザーがぶつかり合うなか、トリルがワイリーの手下となったクロヒゲとチロルにさらわれた。ロックマンたちの実体化も限界となり、熱斗、炎山、ライカは危険も顧みずクロスフュージョンして戦うが…。

グレイガとファルザーの対決に決着がついた瞬間、ワイリーはシンクロナイザーの力を発動させた。その結果、グレイガとファルザーが合体した超電脳獣が誕生し、圧倒的な力でビヨンダードを破壊し始めた。