超時空要塞マクロス

1999年。謎の宇宙戦艦が地球に墜落し、2009年にその戦艦は修復され「マクロス」と命名された。その進宙式の日、式の見学にきた一条輝の姿もあった。そして式の最中、突然ブービートラップが発動して事態が一変する。

ひょんなことからバルキリーに乗った輝だが、敵のビームを受けて町へと落下。かろうじて墜落を免れた輝は、そこでリン・ミンメイという少女に出会う。その後、町はバルキリーとゼントラーディ軍の戦場と化す。

フォッカーに助けられ、マクロスに入ったミンメイと輝だが、2人は輝の愛機でここから出ていこうと計画する。そんな時、マクロスはゼントラーディ軍の攻撃から逃れようと超高速航法・フォールドシステムを作動する。

宇宙からマクロスに戻った輝とミンメイ。だがそこはマクロス艦内にある閉鎖された無人の部屋で、1日、2日と時間は過ぎ、2人の食糧も底を尽き始める。そして、ミンメイは死さえ覚悟するようになってしまう。

フォールド効果でマクロスと共に宇宙に出現した島の人々により、マクロス艦内には町が作られていた。一方、ゼントラーディ軍の攻撃が続くなか、マクロスは戦艦形態だと主砲が発射できない状態になっていた。

輝は自分の周囲に戦いが存在していることを改めて知り、軍隊に入った。そして1カ月が過ぎたある日、輝はゼントラーディ軍への奇襲に参加することになる。しかし、奇襲は作戦どおりにいかなかった。

誰もいないはずの火星から通信を受けたマクロス。物資補給の目的もあり、グローバルは艦を火星に向かわせる。だが、それはゼントラーディ軍に所属するカムジンのわなで、マクロスは重力機雷に封じ込められてしまう。

思いがけず、地球統合軍の勲章・チタニウム章を受けた輝は、1小隊を率いる少尉に昇格。そんななか、輝は部下である柿崎速雄とマクシミリアン・ジーナス両伍長を連れて、ミンメイの誕生パーティに向かうが…。

ミンメイは輝に、当直の日に弁当を届けると約束していたが、その日は彼女が最終選考に残った「ミスマクロスコンテスト」の開催日だった。結果が気になった輝は、プロメテウスを抜け出してコンテスト会場へ向かう。

遠距離レーダーを破壊されたマクロスは、敵の動きを掴めなくなってしまった。そこでグローバルは偵察機のキャッツアイを発進させる。その偵察員に未沙が志願し、それを輝のバーミリオン小隊が護衛することになった。

ゼントラーディ軍の捕虜となってしまった輝と未沙、そして柿崎。輝は不安と恐怖のなかで脱出のチャンスを窺っていた。一方、デビューを目前にしたミンメイは、輝が未帰還になっていることを知ってショックを受ける。

ブリタイ艦内に隠れていたマックスに助けられ、輝たちは脱出を図る。一方、ブリタイたちはマイクローンの調査のため「青い風」のワレラたちをマイクローン化し、彼らをマクロスに潜入させようとする。

無事にマクロスへ生還した輝、未沙、柿崎、マックスの4人は歓迎レセプションに出席し、多くの人々とミンメイに迎えられる。また、会場に集まった人々の中には、この光景に目を丸くするワレラたちもいた。

カムジンの奇襲を脱し、マクロスはようやく地球に帰還した。フォールドシステムを失い、度重なる戦闘で傷つき、それでもなお地球へ向けて長い旅を続けたマクロスは、今、本当に故郷の星の上にいる。

ミンメイはミスマクロスに贈られたファンライナーを輝に操縦してもらい、懐かしのわが家である横浜・中華街に帰ってきた。そこで彼女は、両親や兄のように慕っているいとこのカイフンと久々の再会を果たす。

カイフンがかつての恋人・ライバーに似ていることに気づき、心に熱いものが込み上げてきた未沙。そんな時、マクロスはカムジン隊の攻撃を受け、カイフンのことで気が散っていた未沙はミスを犯してしまう。

未沙の発射したミサイルに被弾してしまった輝の機体は、ミリアに追い撃ちをかけられる。輝はそんな今、夢を見ていた。最初の空戦、ミンメイとの出会い、さらに、ミンメイを連れ去ろうとするブリタイが現れる。

フォッカーは、ミンメイにけがをした輝の見舞いにいってほしいと思っていた。そして、彼のおかげで久々に2人きりで過ごす輝とミンメイ。だがその頃、フォッカーは敵との交戦中に攻撃を受けて負傷してしまう。

地球統合本部はマクロスの民間人受け入れを拒み続けていた。そんな時、マクロスはオンタリオ自治区から避難民受け入れ許可の通信を受け、オンタリオへと向かうが、そこへカムジン隊が襲いかかってくる。

ボドル基幹艦隊旗艦へ戻ったブリタイが大艦隊を率いて再び地球に接近し、マクロスに潜入していたワレラたちは、ブリタイ艦隊と合流すべく脱出。ブリタイ艦に帰還した彼らはマクロスで見聞きしたことを報告する。

ブリタイは、ボドル基幹艦隊司令のボドルザーからマイクローンの捕虜を連れてくるよう命令を受けた。そこで彼は、ダイタロスアタックを逆手に取り、リガード隊をマクロス内部に送り込む作戦を立てた。

マクロス内部にリガード隊が乱入するが、人類の文化が広まったおかげで、命令に背いて敵前逃亡する兵が出始めたゼントラーディ軍は退去。そして、ブリタイ艦隊から脱走したワレラたちはマクロスへの亡命を望んだ。

マクロスからシャトルに乗って地球に来た未沙は、父の早瀬提督を説得しようとしたが、グランドキャノンの使用の決定は覆せなかった。一方、輝はマックスとゲームセンターに出かけ、ミリアと出くわす。

夜の公園でマックスはミリアを待っていた。そこに姿を現したミリアは、マックスを敵と決めつけ決闘を迫るが敗れてしまう。そして、いさぎよく死を望む彼女にマックスは思わずキスをし、結婚を決意する。

停戦を決断したブリタイは、エキセドルをマクロスへと派遣。エキセドルは、マクロスの審問室へ集められたプロトカルチャーショックの関係者に、ゼントラーディ人にとっての戦いと文化の意味を語る。

ゼントラーディ大艦隊が地球に攻撃を開始。決戦を前に、輝はミンメイに自分の気持ちを伝え、みんなのために歌ってくれと頼んだ。そして味方の艦隊たちは、識別信号と敵艦隊への心理攻撃を兼ねてミンメイの歌を流す。

ボドル基幹艦隊との決戦から2年。生存者は着陸したマクロスの周辺に街を作り、地球で生き残った人々もコロニーを築いていた。ミンメイは人々を歌で元気づけ、輝は地球に住み着いたゼントラーディ人を監視していた。

地球に住み着いたゼントラーディ人の中には生活に馴染めず、不満を漏らす者が増え始めていた。一方、何のために歌を歌っているのかわからなくなっていたミンメイは、輝との思い出にふけっていた。

地球では防衛力強化に向け、ゼントラーディ軍の自動宇宙船製造工場衛星を奪取する作戦が立てられていた。マクロスの主だったメンバーはブリタイ艦に乗り、ミリアは娘のコミリアを連れてこの作戦に参加した。

作戦は成功し、自動工場衛星は防衛力を強化する兵器の生産を開始。一方、地球上ではゼントラーディ人がマイクローン装置を奪おうと画策。輝は装置のひとつを保管するトラッドへ行き、マクロスへ持ち帰ろうとする。

マイクローン装置の奪取に成功したカムジンは、文化に適応できないゼントラーディ人たちを元の大きさに戻し、再び軍隊を作りつつあった。これに対し、未沙を中心とした調査隊はカムジンたちから武器の没収を図る。

ミンメイのことで輝との間が気まずくなってしまった未沙は、そのことを後悔していた。クローディアはそんな未沙を家に招き、自分とフォッカーとの昔話を語って聞かせ、焦ってはいけないと忠告する。

未沙と仲直りした輝は、彼女をハイキングに誘った。だが、約束の待ち合わせ場所へ行こうとしていた輝はミンメイから電話を受けて「すぐに会いたい」と言われ、迷いながらもミンメイに会いにいってしまう。

カイフンが去って完全に自分を見失ったミンメイは、いつしかマクロスシティに足を運んでいた。一方、クリスマスの夜、チャイムを聞いてドアを開けた輝が見たのは、雪の中に立つミンメイの姿だった。

未沙は軍を退く決心を固めつつあったが、グローバルから第1次移民船の艦長の話を聞いて考え直す。一方、輝はミンメイから軍人をやめるように頼まれ迷っていた。そんな時、マクロスはカムジン隊の攻撃を受ける。