キャプテン・アース

テレビで見た「円形の虹」に、幼い日の記憶を蘇らせた高校2年生の真夏ダイチ。夏休みに種子島へ旅立った彼は不思議な少女・エーリアルと出会い、さらに地下深くで巨大ロボット、アースエンジンと対面を果たす。

ダイチはアースエンジン・インパクターへの合体変形を成功させ、「魔法少女」を名乗る謎の少女と共にキルトガング・モールキンを撃退した。地上に戻ってきたダイチは、かつて父が所属していたグローブの詳細を知る。

グローブの司令官・西久保のひとり娘、夜祭アカリがチームに加わり、ダイチたちは夏の種子島を楽しむ。そんな4人の前に新たな敵・アマロックが現れ、ダイチはまだ修理が終わっていないアースエンジンを発進させる。

キルトガング・アルビオンの正体はテッペイだった。ダイチは隔離されたテッペイの身を案じ、彼のもとを訪れる。不安を隠せないテッペイに対し、「テッペイはテッペイだろ」とダイチは伝えるのだった。

キルトガングに対し徹底抗戦を唱える迎撃派と、選ばれた人類による脱出を目指す方舟派。テッペイがキルトガングとして覚醒して以降、両派の対立は深まりを見せ、迎撃派の西久保司令はテッペイにある命令を下す。

姿を消したテッペイの「父」エイジ。状況が変化するなか、キルトガングの襲来に備え、選ばれた人類だけを地球外へと脱出させる「キヴォトス計画」を推し進める方舟派は、計画の要となるハナの身柄を奪おうとする。

ハナの予知通り、アマロックたちは第1防衛圏内に出現。挟み撃ちに遭い苦戦を強いられるダイチの前に現れたのは、テッペイと彼のキルトガング・アルビオンだった。テッペイは、自分のエゴブロックを自ら破壊する。

テッペイのほかに存在する5人のデザイナーズチャイルドの1人、ジンの覚醒を阻止すべくダイチたちはお台場に向かう。そこのカジノでディーラーとして働いていたジンは友人から孤立し、過去の人生を後悔していた。

5人目の遊星歯車装置は現役アイドルのアイ。マシングッドフェロー・蛇花火に乗り込み、ダイチたちを苦しめる。一方、アカリを拉致したアマラは、彼女の技術を使い、低軌道にあるインパクター全てを止めるよう脅す。

何よりも速さを愛する少女・リンは遊星歯車装置として覚醒し、人魚姫でダイチに勝負を仕掛ける。ダイチはリビドーカプセルを壊すことに成功したが、あと少しのところでアブリアクションの成功を許してしまった。

6人いるデザイナーズチャイルドの1人であるセツナは、アインゴッド社の研究員・毬村マオのもとにいた。一方、セツナの所在を突き止めたアマラとモコ、そしてダイチたちは、彼女の身柄を確保すべく動く。

デザイナーズチャイルド最後のひとりは、麻野田組の構成員として地下闘技場のリングに上がる少年・バクだった。リタからの連絡を受け、ダイチたちは現地に向かう。一方、アマラとモコもその地下闘技場に来ていた。

バクが想いを寄せる麻野田組組長のひとり娘・クミコを人質に取り、彼を仲間に引き入れようとするアマラ。その時、現場に現れた組員・ハルヒコの銃弾がクミコに命中するが、彼女の傷はみるみるうちに消えてしまう。

アカリの発案により、ダイチたちはリゾートホテルで休暇を楽しむ。その夜、ダイチは彼の部屋で涙を流すハナの姿を目撃した。一方その頃、アマロックたちは人工衛星・レガシーを墜落させようと企てていた。

行方をくらましたハナは、偶然にも遊星歯車装置の「女王」セツナと遭遇。そして不思議な共感を覚える2人の前にアマラとモコが現れる。さらに、記憶を取り戻したセツナは、アマラたちにハナの身柄の確保を命じた。

ハナがブルーメを起動させたことが発端で、Globe内の各勢力は慌ただしさを増す。そんな時、西久保はダイチに、遊星歯車装置の戦略拠点・要塞空母オーベロンを急襲する作戦「オペレーションサマー」の実施を告げた。

種子島基地を新たな監察官・安藤ニオが訪問し、同じ頃、キルトガング・モールキンとジンバルドが出現。ダイチたちは、方舟派が配備を進める最新型インパクター・ケルベロスのコントロールを奪った彼らに翻弄される。

宇宙船ブルーメを起動可能なハナの身柄を確保しようと動く方舟派。彼らは、天海道から帰還するハナたちを狙って攻撃。一方ダイチ、ハナ、テッペイの3人は、帰還船の不具合のためオーストラリアの荒野に不時着する。

アカリが中央司令部をハッキングしている隙に、ダイチたちはシドニー基地に格納されていた大型輸送機を奪取。3人はオーストラリアから脱出を果たしたが、そこに方舟派の切り札・サラマーエンジンが迫る。

海中から姿を現したブルーメと共に天海道へ向かったダイチたちは、天王星軌道に移動してオーベロンを攻撃。西久保がひそかに進めていた作戦｢オペレーションサマー｣が､ついに発動されようとしていた｡

広末はハナを人質に取った。しかもそれと時を同じくして、遊星歯車装置の1人、アイによって操られた衛星軌道上のデブリ群が天海道を襲う。テッペイのネビュラエンジンは迎撃に向かうが、機体を損傷してしまった。

ダイチの宣言と共に「オペレーションサマー」を開始。天王星の衛星軌道に向けて、エンタングルリングを開始するハナと彼女が乗り込んだ宇宙船ブルーメ。だが、そこに方舟派の最終兵器が立ちはだかる。

気がつくと夏休みの前日。ダイチは叔父のトシアキと共に学校の面談を受ける。ダイチは自分のあり方が「何か間違ってる」と感じていた。さらに、彼の前にアマラやモコら遊星歯車装置の面々が友人として現れるが…。

ダイチたちは、宇宙船ブルーメで土星近くにジャンプアウトした。立ちはだかるバグベアを、最終兵器ブーステッド・プラズマグナムで撃破した彼らは、ついに遊星歯車装置の母艦・オーベロンに到達する。

パックの狙いは、ライブラスターが生み出す無限のエネルギーを手に入れることだった。そして宇宙船ブルーメと一体化したパックは、自らをロビングッドフェロー、すなわち銀河の絶対的支配者だと名乗るのだった。