鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST

元国家錬金術師のアイザック・マクドゥーガルを捕縛するため「?の錬金術師」ロイ・マスタング、機械鎧の手足を持つ少年「鋼の錬金術師」エドワード・エルリックとその弟アルフォンス・エルリックらが動き出す。

エドとアルは優しかった母を蘇らせようと、最大の禁忌である「人体錬成」に挑む。しかし、待っていたのはあまりにも大きな代償だった。ある日、絶望の淵に沈んでいた彼らの前にひとりの軍人が現れた。

エドとアルは「奇跡の業」を使うという教主の話を聞き、リオールという街にやって来た。レト教教主・コーネロは、等価交換の原則に反した錬金術を行っていた。真相を探ろうと、エドとアルはコーネロのもとを訪れる。

エドとアルはロイより「綴命の錬金術師」ショウ・タッカーを紹介された。タッカーは人語を解する合成獣・キメラの錬成に成功した生体錬成の権威だ。エドたちはタッカー宅で資料を探す間、娘のニーナと親しくなる。

国家錬金術師だけを殺し続ける謎の人物「傷の男・スカー」がイーストシティに現れた。エドとアルは、街中で偶然スカーと遭遇。襲ってきたスカーに応戦するが、超絶的な体術と不思議な破壊の右手に圧倒される。

壊れた機械鎧を直すため、エドとアルはアームストロングと共に故郷へ向かう。その道中、アームストロングが見かけた男の名はドクター・マルコー。かつて軍の研究所で錬金術を医療に応用する研究をしていた人物だ。

エドとアルはマルコーの研究資料を探すため、国立中央図書館第一分館へやってきた。しかし彼らが見たものは、全焼した分館の跡だった。エドたちはマルコーの資料が本当に分館にあったかを確認しようとする。

賢者の石の真実を探ろうと元第五研究所へ忍び込んだエドは、床に描かれた賢者の石の錬成陣を見つける。その時、鎧に身を包んだ男・ナンバー48が襲いかかってきた。一方、研究所の外にいたアルも襲われる。

第五研究所の戦いで、機械鎧を破損し、重傷を負ったエド。すぐにリゼンブールよりウィンリィを呼び寄せ機械鎧の修理をしてもらうことにした。一方、アルはバリーの一言によって心を乱されていた。

エドとアルは病室で第五研究所の顛末をアームストロングやヒューズたちに話す。そこへ突然、姿を見せた大総統のキング・ブラッドレイ。軍内部に自分ですら掴み切れない不穏な存在があることなどを告げる。

エドとアルはウィンリィと共に機械鎧技師たちの聖地「ラッシュバレー」を訪れた。すると到着早々国家錬金術師の証・銀時計をパニーニャという少女に盗まれてしまう。だが、これを機に彼らは多くの人に出会う。

ダブリスに到着したエドとアルは師匠・イズミとの再会を果たす。邂逅の余韻覚めやらぬなか、エドはイズミより父・ホーエンハイムの消息を伝え聞いた。その晩、エドはイズミと初めて出会った時のことを思い出す。

ロイはセントラルへ異動となった。一方、ホムンクルスたちに重傷を負わされたスカーも、セントラルへ向かおうとする。その頃、イズミのもとに滞留するアルに「おまえの秘密を知ってる」という者が接触を図ってきた。

イズミの乱入でグリードとの戦いは転機を迎えたが、そこへキング・ブラッドレイ率いる国軍が突入し、グリード一派らの殲滅を開始する。グリードはアルを抱えて逃げようとするが、ブラッドレイ自らが立ちふさがる。

スカーとヨキの前にメイという謎の少女が現れる。「錬丹術」という術を使う彼女は東の大国・シンから、不老不死の法を求め、アメストリスへやってきたという。一方、エドとアルは行き倒れの少年・リンと知りあう。

バリーと接触したことでヒューズ殺害の真相を掴み始めたロイ。その動きは後にホムンクルスたちの知るところとなる。その頃、エドとアルはウィンリィと共にセントラルへやってきて、衝撃的な事実を告げられる。

ヒューズ殺害の犯人としてロスは軍に拘束される。彼女に不利な状況が続くなか、バリーがその留置所を襲撃。リンと共に、ロスを連れ出す。射殺も含めた捕獲命令が出るなか、エドとアルは中央司令部へ向かう。

ロイの命令によって、エドはセントラルにアルを残し、アームストロングと共にリゼンブールへ向かった。だが、到着早々、ブレダの手引きで秘密裏に伝説の王都・クセルクセス遺跡へと旅立つことになった。

ホムンクルスたちに向けたロイの作戦が大詰めを迎えた。ロイたちはバリーを追い、ハボックやアルと共に第三研究所の地下へ潜入。ハボックとロイは二手に分かれて進んだ先で、彼らを始末しにきたラストと遭遇する。

エドとアルの父、ヴァン・ホーエンハイムが久々にリゼンブールへ戻ってきた。しかし、母・トリシャに苦労をかけた彼に、エドは憎悪の感情を抱いていた。ホーエンハイムはエドたちが人体錬成を行ったことを知り…。

エドとアルは、入院するロイとハボックを見舞う。そこで彼らは、ホムンクルスたちの根城と思しき範囲の一部に、大総統官邸が入っていることを知る。一同は自分たちが相対している存在の巨大さに戦慄を覚える。

ランファンがブラッドレイに斬られ、すぐさまリンが助けに入る。しかし、彼もまたブラッドレイやグラトニーに追い詰められてしまう。一方、ウィンリィは、エドとアルがスカーと戦っていることを知る。

ホムンクルスを捕らえるため、エドとアルはウィンリィを軍に託し、再度スカーとの戦いに赴く。また、ロイやホークアイらも現場へ向かう。その頃、リンはランファンを抱えながらブラッドレイと戦いを繰り広げる。

ホムンクルスのアジトに捕らわれているマルコーは、ホムンクルスたちの目的が、アメストリス国民全てを巻き込んだ「国土錬成陣」の構築にあると考える。一方エド、アル、リンは暴走したグラトニーを止めようとする。

グラトニーに飲み込まれたエドは気がつくと、果てしない血の海と暗闇が広がる不思議な空間にいた。何とかリンと再会するが、脱出の手掛かりがない。彼らはやがて、一緒に飲み込まれたエンヴィーとも再会する。

お父様に会うため、アルとシャオメイはグラトニーと共にホムンクルスたちのアジトへ向かう。シャオメイを探すメイとスカーも彼らの後を追った。エドとリンはグラトニーの腹の中で真の姿を現したエンヴィーと戦い…。

どこかの村の祭りを見つめるホーエンハイムにある若い女が酒を持ってやってくる。彼女の名前はピナコ・ロックベル。ピナコは酒を飲みながらホーエンハイムと、この国の在り方、エドたちの旅路について語りあう。

グラトニーの案内でお父様のもとへ到着したアルとシャオメイ。その時突然グラトニーの腹が裂け、中からエド、リン、エンヴィーが出てきた。エドとアルは再会を喜ぶが、彼らの前へ現れたお父様の姿に驚く。

エンヴィーらに捕まったエドとアルは、お父様の指示により中央司令部のブラッドレイのもとへ連れて行かれる。先に部屋にいたロイよりエドたちは、ホークアイ以下ロイの部下たちの異動話などを知らされる。

銃を返すためにホークアイのアパートを訪れたエドは、敵に対して銃撃できなかった事実を告げる。また、銃を持つことの重さ、それをホークアイが甘んじて引き受ける原因となったイシュヴァール戦について尋ねた。

エドはアルと再会する。イシュヴァール戦後、生きることを諦めず、「目的を果たしたその先」を見据えるロイやホークアイらの話をし、自分たちも失った体を取り戻そうと決意。さらにエドはあることをアルに聞かせる。

ヒューズの墓前でひそかにグラマンと会うロイはこれまでの顛末を話し、協力を得ようとする。一方、メイの行方が掴めないエドの元へアームストロングがやってきて、メイたちが北へ向かったことを伝えた。

スカーとマルコーの跡を追ってキンブリーと捜索隊の一行は西へ向かった。錯綜する情報のなかで、キンブリーはスカーが西経由で北へ向かうと推理。その夜、スカーは北へと走る貨物車に潜り込む。

ブリッグズ要塞にたごり着いたエドとアルは、そこの指揮官・オリヴィエに自分たちがここに来た目的を話し、メイ捜索のための協力を要請。エドたちはメイを見つけるまでの間、要塞内の仕事を手伝うことになった。

オリヴィエたちは、襲撃してきたホムンクルス・スロウスにブリッグズ流の反撃を開始。それは全てを凍てつかせてしまう驚くべきものだった。翌日、マイルズはキンブリーが近くの病院へ入院していることを知る。

山の中でひとり佇むホーエンハイム。胸に指を突き立て、体内より赤い血の塊を解き放つ彼の脳裏には、在りし日の家族の思い出が蘇っていた。その頃、オリヴィエは軍のたくらみを聞き出そうとレイブンと談笑し…。

ブラッドレイの策略でウィンリィはブリッグズ要塞へ連れて来られた。エドとアルは、改めて自分たちの存在が敵側の手の内にあると実感する。一方、バッカニア率いる別隊はスロウスの掘ったトンネル内へ入る。

スカーを捕まえるため、エド、アル、ウィンリィとキンブリー、マイルズたちはバズクールという街に来た。すると、軍の目を盗んでエドとアルは、独自にスカーと、彼と一緒にいるメイを探し出そうとする。

エドとアルの奮闘で捕らえられたスカー。ウィンリィは自分の両親を殺した彼の傷の手当てをする。「俺を許すのか」と尋ねるスカーに対してウィンリィは「理不尽を許してはいない」と毅然とした態度で答える。

ブラッドレイの命令で中央司令部へ召喚されたオリヴィエは、突破口を開くため、あえてブラッドレイの懐へ飛び込む。一方、ホークアイと再会を果たしたロイは彼女から暗号を伝えられ、大総統の息子の正体を知る。

キンブリーとその部下たちを始末しようとするマイルズらブリッグズ要塞の面々。エドは彼を生かしたまま捕らえることを提案。だがマイルズに「その甘さが君や仲間の命を奪うかもしれないのだぞ」と一喝される。

突如意識を失ったアルを抱え、ウィンリィたちは道中の山小屋へ立ち寄った。そこで休憩がてら、メイとマルコーはスカーの兄の書を読み解こうとする。途中、メイは意識の戻ったアルとマルコーの会話からヒントを得る。

アスベックというイシュヴァール人たちのスラムに身を寄せていたマルコーらのもとへ、エンヴィーがやってくる。マルコーやジェルソたちは応戦。しかし、巨大化したエンヴィーにマルコーが捕らえられてしまう。

アルたちはリオールでホーエンハイムと再会。アルはホーエンハイムに、これまでのいきさつや、エドが現在行方不明になっていることを伝える。ノースシティの銀行では、ダリウスがエドの口座より金を引き出していた。

シンへ帰るため、メイは東部の街・ユースウェルへ立ち寄った。すると、街の人々から手厚いもてなしを受ける。アメストリスの人々を見捨てて、自国へ戻ることに躊躇していた彼女の心は揺れに揺れた。

「約束の日」を前に、ウィンリィはリゼンブールの自宅へ戻り、そこでエドと思わぬ再会を果たす。また、マイルズと共に秘密裏に東部へ来ていたアルは、再び肉体に魂が引っ張られる感覚に襲われる。

カナマという集落でエドたちはホーエンハイムと再会。エドはホーエンハイムの身体の秘密や、お父様が翌日の日蝕を利用して、真理の扉を開けようとしていることを知る。また、エドは母・トリシャからの遺言を伝える。

復活を果たしたランファンの手助けで、一挙に形勢逆転を果たしたエドたち。ところがその頃、別の場所ではハインケルが、屈強なプライドに苦戦を強いられていた。やがてプライドの影が復活する。

非情なやり方でグラトニーの能力を手に入れたプライド。エドたちは、あっという間に追い詰められてしまう。その頃、別の場所で息を吹き返したアルは、自分が原因で兄たちが窮地に陥っていることを知り…。

ブラッドレイ夫人を人質に取り、ロイは中央司令部へ反逆の狼煙を上げた。その反乱は、ロイ一派の攻撃、そして予期せぬ所から出現したチャーリー隊やブリッグズ軍らの加勢により、激しい市街戦へと突入する。

大量の人形兵たちが解き放たれた。不死身の一群は、軍上層部の人間をも食い殺し、エドたちに襲いかかる。一方、公然と軍上層部に反乱を起こしたオリヴィエの前にも、スロウスが立ちはだかった。

ハインケルの言葉によって、アルはついに賢者の石の力を使うことを決意した。石に閉じ込められた魂たちの力を駆使して、プライドとキンブリー2人を相手にする。アルは互角かつ凄まじい戦いを繰り広げる。

ブレダら反乱軍一派はセントラルのラジオ局を占拠した。彼らはそこで、大総統へクーデターを起こそうとしているのは軍上層部で、自分たちはそれを阻止するために動いているのだと、うその大義名分を国民に伝える。

ロイとホークアイはエンヴィーの仕掛けたわなを絶妙なコンビネーションで乗り切る。限界超えたエンヴィーは再び小さなトカゲのような姿になった。何かに憑かれたようにロイは、エンヴィーにとどめを刺そうとする。

中央司令部本部を占領したブリッグズ軍。その頃、オリヴィエとアームストロングは生き残った中央軍の兵士らと共に大量の人形兵と戦っていたが、スロウスが再び動き始め、彼らに瀕死の重傷を負わせる。

ホーエンハイムはお父様と対峙する。自らの中にある53万6329人の魂たちと対話を終えていたホーエンハイムは、彼らを使い、お父様の身体の破壊を試みる。一方、ブリッグズ軍はブラッドレイを一斉に攻撃する。

お父様を見つけ出そうとして地下を進むエドやロイたち。その途中の広間では、金の差し歯をした医者と出会う。その医者は自分のことを「キング・ブラッドレイを作った男」と紹介し、ロイがいると知ると…。

フーとバッカニアの決死の連携やランファン、ブリッグズ兵らの手助けで、グリードはついにブラッドレイを城壁より叩き落とす。リンは、フーを助けてくれたバッカニアの最後の頼みを聞き、中央兵へ猛攻を仕掛ける。

メイやザンパノたちは、一瞬の隙を突いて、金歯医者とロイの対決場所に襲来する。一挙にその場の形勢を逆転させるが、そこへ何とプライドと、死んだと思われていたブラッドレイが姿を現し、ロイに襲いかかる。

5人の人柱がお父様のもとに出揃った。しかし、エドやアルたちは諦めることなく、メイ共々、国土錬成陣の発動までにお父様やセリムを倒そうとする。その一方で、ブラッドレイとスカーの戦いも始まった。

アメストリス国民全員の命を使ってお父様は天の扉から強大な力を引き出した。彼はそれを「神の力」と呼ぶ。全てが絶望的になったと思われたその時、ホーエンハイムの仕掛けた錬成陣が発動する。

ホーエンハイムの策略によって身体からアメストリス国民の魂を失ったお父様。ところが、自身の中にある神の力を保持し続けるために、自分の周囲にいる人間たちに襲いかかり、魂を得ようとする。

鋼の錬金術師の兄、エドワード・エルリック。また、弟のアルフォンス・エルリックは巨大な鎧に魂を定着された。彼らは「賢者の石」を探す旅に出た。そして、アメストリスの命運をかけた最後の戦いが激化する。

鋼の錬金術師の名を背負った兄のエドワード・エルリック。また、弟のアルフォンス・エルリックは巨大な鎧に魂を定着された。彼らは「賢者の石」を探す長い旅に出た。そんな兄弟の旅が終わりを迎える。