機動新世紀ガンダムX

戦災孤児のガロード・ランは、謎の紳士ライク・アントから依頼を受け、アディールという少女を奪還した。だがティファがアントを見て怯え出したため、ガロードは彼女を連れて離脱する。

ガンダムXは、ティファを盾にして逃亡に成功。その頃、ガンダムXの登場を察知した情報屋は、あらゆるバルチャーにその情報を売りつけ、ガンダムXが高く売れることを触れ回っていた。

サテライトキャノンにより死んだ人々の感情を感応したティファは、精神的なダメージを受け昏倒してしまう。そんな中、ガロードはジャミルに捕らわれ、彼女は船医のテクスに預けられる。

ティファの容態が急変した。ジャミルは、充分な医療施設のあるアルタネイティヴ社への奇襲を決定。だがジャミルがティファに固執する理由を知らないクルーは懐疑的にならざるを得ない。

ガンダムヴァサーゴとアルタネイティヴ社のモビルスーツに強襲され、フリーデンは交戦状態に突入。その間にティファがアルタネイティヴ社に連れ込まれ、出撃するガンダムX。

「ザコット一味」を率いるバルチャーのザコットが、フリーの女モビルスーツ乗り、エニルにガンダムXの情報を持ちかけた。その動きをまだ察知していないフリーデンは、旧連邦の工場跡地を目指していた。

サテライトキャノンの発射のせいで負傷したジャミルは昏睡状態に陥ってしまう。そのことを責められ、さらにサラとの関係でナーバスになっていたティファからガロードは接触を拒まれる。

炎の時計部隊の攻撃から、フロスト兄弟の輸送機のお陰で逃げることに成功したウィッツ。彼は戦力不足のフリーデンに呼び出されたロアビィと偶然合流し、共にジャミルが回復するまでの用心棒として雇われる。

エニルや炎の時計部隊、フロスト兄弟に攻撃され窮地に立たされたフリーデン。そこへガロードが急行して戦線に復帰する。それをチャンスと見た艦長代行のサラは、湖へとフリーデンを移動させる。

ニュータイプを保護するため、ティファの描いた絵画を頼りにフリーデンはフォートセバーン市を目指していた。そんな中、ティファはニュータイプの能力でカリスを感じ、カリスも同様にティファを感知していた。

ガンダムXのサテライトキャノンをベルティゴに破壊され、エアマスターとレオパルドも危機に陥っていた。彼らを救うためにフリーデンを降りたティファは、カリスに連れ去られてしまう。

市長ノモアと面会していたエニルは、彼が旧革命軍のドーラッド博士だと見抜き、カリスを誕生させたことを聞き出す。ティファを救うべく、フォートセバーン市に潜入していたガロードは…。

エニルとノモアに追いつめられたガロードだったが、コクピット恐怖症を克服したジャミルのXディバイダーに助けられた。一方、ノモアに不信感を抱いたカリスは、彼の心を読み…

ガロードに撃たれたカリスだが、なんとか一命をとりとめた。だが、ニュータイプが搭乗しないと起動しない巨大なモビルアーマーのパトゥーリアを起動させるため、カリスはエニルに連れ去られる。

母が嫌うモビルスーツに乗る職業だと、再会した母に知られてしまったウィッツ。そして、母が自分に内緒で再婚していたことを知ったウィッツは、母との対立の末に家を飛び出してしまう。

ロアビィが海水浴を思い付き、一同はしばしの休息を楽しむことに。そのとき、突然ティファが許可なくボートを出し、彼らの目の前で沖へと向かってしまった。

サテライトシステムのガイドレーザーを目撃したガロードとティファ。それにより、その地点にニュータイプの手がかりとガンダムXの存在を確信したジャミルは、進路を太平洋上にとらせた。

「ローレライの海」で、フラッシュシステム用のビットモビルスーツと女性を収めた謎のシステムを引き上げたフロスト兄弟。一方、ティファは、ジャミルにローレライの海へ向かうよう話す。

ティファと意識を同調させた女性は、15年前にジャミルの教官だったニュータイプの士官ルチル・リリアントだった。だが、ルチルは電子機器を狂わせるLシステムに組み込まれていた

立ち寄ったブティックでエニルと出逢ったトニヤは、互いに正体を知らぬまま意気投合してしまう。エニルは入国管理官の青年マイルズとの結婚にイマイチ気乗りしないことをトニヤに話す。

フロスト兄弟の直属の上司アイムザット・カートラルは、人工島ゾンダーエプタで開発を進めていた新型のガンダムと、ニュータイプが地球連邦軍の再建に不可欠と考えていた。

新たなガンダムを目撃したエニル。証拠隠滅のため追撃されたエニルは、フリーデンによって保護された。そして、彼女から新たなガンダムを発見したことを聞き出したジャミルたちは…!?

フリーデン捕獲作戦によって、武装解除を余儀なくされたフリーデンのクルーたちは、ゾンダーエプタに連行された。そして収監されたガロードたちは、ジャミルがクルーとの別れ際に…。

輸送船に潜入したガロードとカトックは、新型ガンダムであるダブルエックスを発見。狙撃部隊に狙われる中、ガロードをダブルエックスに乗せようとするが、Gコンがなく窮地に陥る。

新連邦政府樹立後、新連邦軍は世界の統一のために各地で紛争を展開。そんな中、アジアの小国エスタルドに到着したフリーデンは、同盟国と共に新連邦と戦おうとしていたエスタルド軍のリー将軍から援助を受ける。

エスタルドでは先の作戦の成功でフリーデンの活躍を称えた。だがそうしたしがらみや、徹底抗戦派のリー将軍と和平派のグラント議長の対立に辟易したロアビィは戦う意味を見失ってしまう。

同盟国のガスタールが新連邦軍と和平条約を結んだため、エスタルドは混乱に陥っていた。慌てた首脳陣は会議を開き、ウイリスの側近であるルクスの判断で降伏を決断する。

エスタルドが全面降伏したことで、国外へ脱出するフリーデンは、ウイリス王子を国外逃亡させるために同乗させた。だが国境付近の橋にさしかかったところで、フロスト兄弟たちに挟まれ、ガロードたちは窮地に陥る。

ティファは、ガロードが自分から離れてしまったような感覚に陥って能力を発揮できず、場所を特定できない。その頃、フロスト兄弟はアベル・バウアーを呼び寄せるが…!?

ニュータイプ研究所のカロン所長にフリーデンが近づいていることを伝えたシャギアは、その捕獲のために所内へ引き入れてほしいと頼む。一方、参謀本部に出向いたオルバは…

新宇宙革命軍のニコラに連れ去られたティファ。フリーデンのクルーたちはティファ奪還の策を練るが、成す術なく途方に暮れてしまう。そこへエニルが現れ、宇宙軍基地の存在を明らかにする。

ティファを追うため、宇宙に出たガロード。そのシャトルから脱出したガロードだったが、革命軍の元ニュータイプであるランスロー・ダーウェルが指揮するモビルスーツ隊に追撃されてしまう。

ランスローとの戦いで重傷を負ったガロードは、Gファルコンのパイロットであるパーラ・シスに助けられた。彼女は新革命軍に抵抗する反政府組織「サテリコン」のメンバーだった。

無人ステーションに退避したガロードは、そこでパーラからダリア作戦について教えられた。それはコロニーレーザーを使い、地球に奇襲攻撃を仕かけるという作戦だった。

ティファを取り戻したガロードたちの前に、新連邦軍が現れた。彼らは、ガロードたちに投降を了承させる。そして、ガロードとティファは新連邦軍の総司令ブラッドマンに引き合わされる。

ジャミルたちと再会を果たしたガロードたち。その頃、ブラッドマンと対面していたフロスト兄弟は、アイムザットや同胞を殺したことを打ち明け、ブラッドマンに未来を託すためだったと告白した。

新革命軍のザイデルは、戦争に勝利するには月のD.O.M.E.に接触するしかないと考え、旗艦で出撃した。そのザイデルの動きを察知した新連邦軍のブラッドマンもついに出撃し、状況は更に悪化していく。

D.O.M.E.の防御システムに手間取る新革命軍に追いついた新連邦軍は、彼らと月の争奪戦を始めた。そんな中、ダブルエックスで出撃したガロードとティファは一番最初にD.O.M.Eへと辿り着く。

D.O.M.Eの意志と接触したガロードたち。そこで、彼らは「ニュータイプ」など存在しないということを知ってしまう…。そんな中、フロスト兄弟やガロードは、最期の戦いに挑む！