科学忍者隊ガッチャマンⅡ

科学忍者隊の活躍によって壊滅したかに見えた秘密結社ギャラクターの影の支配者･総裁X。だが彼は、染色体に異常を持っていたとある子供を拉致して急成長させ、新首領･ゲルサドラに任命した。

武神像による攻撃が科学忍者隊に迫り、危機に陥った。しかし、謎の人物が現れて忍者隊は九死に一生を得る。羽根手裏剣によってホークゲッツが倒されたとき、健たちはジョーの記憶を思い出すのだった。

影の支配者･総裁Xが率いる秘密結社ギャラクターの基地建設計画の危険を知らせるテープがISOに届けられた。テープの声はジョーの声にそっくりだ。その情報を得た忍者隊は、フランジェルスへと向かう。

ジョーの声によく似た声で収録されたテープによって知らされてギャラクターの秘密基地は、デラ砂漠の地下に建設中だった。しかし事故によって爆発し、その影響で近隣の都市に大地震が発生する。

約3万5000年前に絶滅したはずの原人が蘇り、密林にあるフルギニアの村を壊滅させてしまう。忍者隊が村に調査へ向かったところ、移民の家族･藤堂一家の小さな息子が生存しているのを見つける。

ロード島の海上で、航空機や船舶の消息不明事故が続く。この海域には無人島がいくつかあり、中心にピラミッド都市があった。それは、ピラミッドパワーシステムの実用化のために着工していた都市だった。

秘密結社ギャラクターを率いている総裁Xは、宇宙生物･レッダーを開発した。この宇宙生物は、急速な成長を遂げて人間を襲うのだという。しかし、最終実験の途中に、隊員のミスで種を1つなくしてしまった。

観測惑星が消失する事件が連続して発生する。その真相を探るため、白鳥のジュンと燕の甚平の2人は天体観測衛星に乗り込んだ。そこに突然現れる黒い移動要塞。その要塞に観測衛星が捕獲されてしまう。

忍者隊は北極海にギャラクターの基地を発見し、出動する。ゲルサドラはそれを察知して、忍者隊の進路へミサイルを発射した。総裁Xは元部下･ベルクカッツェの姿をゲルサドラに重ねて油断の危険を説く。

突然、激しい吹雪が南国の島々を襲った。その吹雪により、数万人もの人々が凍死。近くの海を偵察していた竜は、潮流のせいでメカが操縦不能となり、ある島に流れ着いた。その島には、鯨狩りの老人･ロッコがいた。

健と甚平は、潜水艦の進水式の見学に向かう途中で、ジュリアという女性の車に同乗することになった。しかし、港に3人が到着すると、ギャラクターのメカカラスによる無差別攻撃を受け、ジュリアがケガをしてしまう。

未確認飛行物体によって、各国の天文台や気象観測施設が攻撃を受けた。加えて、宇宙通信学の科学者たちも次々に暗殺されていく。重要人物であったカッシング博士も、忍者隊の到着を待たずに亡くなっていた。

秘密結社ギャラクターの基地へたった一人で侵入したジョーは、キャッシーという謎の女に出会う。キャッシーは自らが”ジョーの影”であると言い、敵の主力部隊が火山地帯にあるベスピオ市に移動したことを告げる。

異星人と推測される宇宙船が地球に飛んできた。ISOへコンタクトを取ってくるのだ。しかし、その宇宙船から現れたのは、防衛軍のボルグ少佐。1カ月前にギャラクターとの戦闘で戦死したと思われていた人物だ。

正体不明の飛行物体がある南国の山間に墜落した。竜が調査に向かったところ、現場近くで、家々が焼け果て、人々は消えて閑散とした村を見つける。そこにいた少女･ユカに竜は一目ぼれしてしまった。

秘密結社ギャラクターの脱走兵が現れ、極秘ファイルをISOへ持ち込んできた。ジョーは暗号解読のためにファイルをオングレー研究所に輸送する役割を引き受けたが、ギャラクターの襲撃を受ける。

ギャラクターの巨大メカが海洋実験都市･シートランドを襲った。シートランドの最高責任者･シースキー博士は幸いにも外出中だったが、娘でジュンの幼なじみであるミリーは生存者に入っていなかった。

ロケット基地に格納していた宇宙連絡艇が故障してしまう。修理に向かうジュンと甚平だが、ジュンが目を離している間に、甚平は少女･サチコに銃を突きつけられて、安全装置のボタンを放してしまった。

竜は、人目を忍んで一人バイクで遠出をするジョーを怪しく思い、跡をつける。オシア地方の荒野まで追った竜だが、ジョーを見失ってしまった。その時、謎の光が迫り来て、竜を飲み込んでしまう。

リゾート地･十畳島が海に沈んでしまった。一瞬で沈んだその原因を調べるため、ジュンが付近の島を捜査していたところ、ケガを負った女性を発見する。しかし、それはギャラクターの罠で、ジュンは捕まってしまう。

健は、飛行学校同窓会に出席するため、会場である同窓生･カールの屋敷にジェット機で向かった。しかしそれは、財閥を率いるカールが、実は世界征服をしようと計画しているとの情報を受けた潜入捜査を兼ねていた。

2万人もの人々が突然死亡するという謎の事件が発生した。その事件が発生したのと同じ時刻に放射線が感知されたという地点へ向かった甚平と竜。2人はそこで、UFO好きの少年たちに出会うのだった。

北極で発生した地震と磁気嵐で、漁船や調査隊が災害に襲われた。健はそのころ、北極点への単独行に挑戦するという恩師･下村先生のニュースを聞き、先生を止めようとする。しかし、先生は犬ぞりで出発してしまった。

秘密結社ギャラクターによるソーラーシフターの実験の影響で、オーリー市のコンピュータ全てが狂い、大惨事となる。市へ近づいたニューゴッドフェニックスやパイマーも異常をきたしたほか、ジョーにも変調が現れる。

隕石群が地球へ落下し、海底へと沈んだ。隕石の回収に向かう忍者隊だったが、ギャラクターに持ち去られてしまう。それを追ったジョーは謎の戦闘集団に遭遇。彼らは、Dr.ラッフェルに改造されたサイボーグだった。

マントルエネルギー再生工場で、事故が発生する。忍者隊は、調査資料の収集で忙しい南部博士の代わりに、博士の助手となるパンドラ博士を空港へ迎えに行く。何とその博士は、美しい女性だった。

マントルエネルギー採取工場での調査中に、南部博士が撃たれた。忍者隊は危篤状態の南部に代わって、秘書のパンドラ博士から指令を受ける。彼女は敵の脳波を探知して、忍者隊に命令を下すのだが…。

ジョーは夜道で謎の女性ライダーに襲われる。その女は羽根手裏剣を持っており、「狙う理由は、羽根手裏剣に聞け」と言い残した。一方忍者隊は、国際防衛軍の戦車部隊全滅を受けて、出動することになる。

マグマメーザー光線で大都市を攻撃してきたギャラクター。ISOは光線の発射基地がヒマラヤK3峰の北壁頂上にあることを突き止めた。しかし、ブリザードの吹く断崖を登らないと、その基地にはたどり着けない。

父親のケガの知らせを弟･誠治から受けた竜は、南部から里帰りを言い渡される。そんな中、竜は故郷へ向かう途中に海底で異常なガスの噴出を発見。しかし、南部の配慮により、家族のもとへ向かうことになる。

健は、イーグル･シャープの大気圏突入機能パワーアップに伴った、耐久テスト飛行を行っていた。テストは無事に終了し、空の散歩を楽しんでいた健。しかし、ギャラクターに発見され、撃墜されてしまう。

忍者隊は、遺跡発掘隊失踪の調査でアンデスに潜入する。ISO情報部員･ユパンキに接触しようとするものの、健は村で飲み物に混入されていた化学物質･BET235の影響で、記憶喪失になってしまう。

ニュージョーク市が大地震で壊滅する。ジョー、ジュン、竜の3人は、大講堂地下に地震を誘発するギャラクターのミサイルを発見した。しかし、ミサイルが発動して講堂が崩れ、3人は生き埋めとなる。

アマゾン川が氾濫し、地形が変わるほどの大災害が起きる。甚平は河川を調査していたところ、謎のメカの攻撃で川に転落してしまった。ピラニアに襲われていたところを、地元の子供たちに助けられる。

父･カイザー、子･リックという親子に出会って親しくなったジョー。しかし、現在は平穏に暮らしている父親のカイザーは、かつてベルク･カッツェ配下、秘密結社ギャラクターで隊員をしていたのだった。

地底都市にあるコンビナートが突然爆発し、検出されるはずがないほどの放射線によって、街が汚染されてしまう。その調査に加わった健は、地底都市計画を発案したメリー博士の夫であるホーリン博士と地底都市に行く。

甚平は、ラッキー山脈のISO秘密研究所に探知機を運ぶという任務を受けた。しかし任務の途中で、地震で谷底へ落ちるピューマの親子を発見してしまう。甚平は任務を中断して、生き残った子供を救う。

ドラゴン島近海で漁船が襲われたことを受け、島を調査していたISO情報部員が抹殺される。忍者隊が出動すると、海中からギャラクターの鉄魔竜が現れ、強力な電磁波でニュー･ゴッド･フェニックスを撃退した。

忍者隊がジブラルタル海峡の近くで行われた核実験を調査していたところ、突然核爆発に襲われた。一方、単独行動をしていたジョーも、ギャラクターを追ってアンダルシアの街へたどり着くと、爆発の衝撃を受けていた。

子供たちを招待し、動物の意思が読める脳波解読装置の実験を行っていたアグリカにある自然動物園。しかし実験中に、南部を狙ったギャラクターの工作員が爆弾をしかけてしまう。それに、動物たちが巻き込まれた。

ギャラクター基地では、ソーラーシフターが完成しようとしていた。メインビーム砲の中核装置が送られる予定だったものの、装置を乗せた地底ロケットが事故で地上に飛び出し、ゲルサドラが回収に向かうことになる。

国際科学平和賞の授賞式が行われていたISO本部。だが、パンドラ博士が今年の受賞者で、太陽望遠鏡を完備した天文台を建設したリッチマン三世を見たところ、　不気味な感覚を覚えることになった。

火星に接近した無人探査機が攻撃で破壊される。謎の円盤とロボット大群の襲撃で、地球の宇宙基地は壊滅していく。駆けつけたニュー･ゴッド･フェニックスも円盤に攻撃され、撃墜してしまった。

いよいよギャラクターのソーラーシフト計画が動き始めた。地球、火星、金星の3カ所に建設された基地から太陽に特殊ビームを撃ち、太陽を移動させるというのが計画内容であることを、南部が解明した。

健は、火星基地の破壊には成功するが、宇宙船が壊れて地球に帰れなくなった。救出へ向かおうとする忍者隊を南部は止め、健を救助隊に任せて忍者隊は地球のギャラクター基地を探すように命じる。

国連軍の海軍第一艦隊司令部が攻撃を受ける。ギャラクター基地発見のためのレーダー開発をしていたアンダーソン長官がケガをした。さらにギャラクターはISOの若手職員を無差別に狙い、G1号の抹殺を企てる。

ソーラーシフト計画の影響で、北極の氷が溶けて巨大氷山がサンブランシティへ漂流してきた。街への衝突を防止するためにGタウンが向かうものの、ギャラコンが侵入して機関室を壊してしまった。

南部の指揮のもとで、各地の異常気象について状況確認が行われているISO本部データ室。情報が集まる中、大西洋で大地震が計測され、その地震により発生した大津波がISO本部に向かってくる。

ギャラクターは、これまでの戦闘を通して健とジョーの素顔を知った。そこで、変身前の彼らを抹殺するために、街に刺客を送り込んだ。そんな中、ジョーが夜の街を一人で歩いているとギャラコンに襲われてしまう。

パンドラは1年前の客船沈没事件で夫と子供を失っており、毎晩悪夢を見ていた。同じ夢を見て苦しんでいたゲルサドラもまた、総裁Xに出自を聞かされ、独自の調査でパンドラが母であると知るのだった。

ゲルサドラは、総裁Xにより母･パンドラを殺される。そして、総裁Xの目的とソーラーシフト計画の全てを知ることになるのだった。忍者隊は、怒りと悲しみを抑えながらも、ギャラクター本部での捜査を始めた。

ゲルサドラは総裁Xを裏切り、ギャラクターに追われて不時着した。健とジョーに発見され、本部への案内を申し出るが、ジョーは健を気絶させる。健を置いてゲルサドラと本部に向かい、総裁に立ち向かうのだった。