デュエル・マスターズ!!（2017年版 3期）

水文明の使者・キャップと超GRゾーンをめぐり、ジョーの新たな物語が幕を開ける。闇文明に浸食される水文明を救う術を探すキャップは、ジョーカーズを生み出すジョーに可能性を感じ、水文明救出の手助けを求める。

ある日、遊園地のような建物を発見したジョーとキャップ。中に入ってみると、そこは謎の研究に没頭している10人の科学者たちが集う、怪しい研究所だった。研究所に潜入した2人は調査を開始する。

突然発生した自然文明の水不足問題。火文明に原因があるのではないかと疑われたボルツは、真相を突き止めるため、水源を探ることに。そこで謎の栓を発見したボルツが、栓を引き抜いてみると…。

自分を人間だと思い込むデュエルウォーリアのルブブがジョーの住む街を訪れた。観光客だと言い張るルブブに対し、ジョーはルブブの頭が機械でできていることを伝えるが、混乱したルブブは巨大化し町を襲い始める。

街で川守田ハカセを発見したジョーとキラ。なぜかももちゃんのことを覚えている川守田ハカセに理由を聞くため、2人は後を追うことに。しかし、そこで明らかになったのは、驚きの研究内容だった。

ひょんなことからお見合いパーティに興味を持ったジョー。しかし、お見合いパーティが何なのかわからないジョーは、新たなジョーカーズ「パッパラパーリ騎士」を生み出し独自のパーティを開催しようとする。

ラーメン地獄村にあるという“禁断のラーメン”を求め、ジョーたちは村へと旅立った。そこはかつての人気ラーメンテーマパークの跡地だった。ジョーたちは“禁断のラーメン”を探し始めるのだが…。

消えたジョーを捜すため、犯人らしき金田一ハカセとデュエマで対決するキャップ。ジョーを見つけ出すため、キャップはデュエマの勝利を目指す。そして、“禁断のラーメン”の正体が明らかに…。

力子先生の代わりとしてジョーのクラスにやってきたのは、何とカバまろだった。人間の言葉をしゃべれないカバまろに反発する生徒たちだったが、あることをきっかけに生徒は次々とカバ化していき…。

水文明で遊んでいたジョーとキャップは、傷だらけで倒れている水文明クリーチャーを見つける。それが闇文明の侵略者につけられた傷だと知ったキャップは、状況を分析するため、水文明中枢部へと向かうのだが…。

ギャップの思惑により、ゼーロとの真のデュエルに挑むことになったジョー。闇の強大な力に押され、劣勢に追い込まれていくジョーだったが、切札のジョラゴンを引き当て、反撃の一手を繰りだす。

ある日、ジョーの通う学校で生徒が行方不明となる事件が発生。何と事件の原因はジョーが蹴り倒した石碑に封印されていた大妖怪が引き起こしたものだった。みんなを助けるため、ジョーは大妖怪退治に乗りだす。

いきなり始まったジョーと神楽坂ハカセのデュエマ。ところが、途中で相手がいなくなったり、カードではなくパンツをドローしたりと、デュエルはグダグダのまま進んでいく。ジョーはおかしなデュエルに疑念を抱き…。

ゼーロを封じ込めるバリアの材料となる魚クリーチャーを集めるため、急きょ水文明で文明対抗釣り選手権が行われることに。すると、ジョー、キャップ、ボルツによる激しい釣りバトルが勃発し…。

史上最強の「デュエキング」の称号を賭けたデュエマグランプリ。歴戦のデュリストらが激闘を繰り広げるなか、決勝に勝ち進んだのは切札ジョーと、かつて侵略と禁断のカリスマと謳われたあの男だった。

釣り選手権の優勝賞品としてゲットしたお城を改造すべく、ボルツたちは水文明へ行くことに。しかし、先回りしていたゲジスキーに城の警備システムを乗っ取られ、警備ロボから攻撃を受けることになり…。

ある日、便秘のデッキーから飛び出してきたお尻ケイサツのボス・オケツ団長。オケツ団長からデッキーの尻の中で暴れる凶悪な尻テロリスト集団を倒すため、捜査依頼を受けたジョーはデッキーの尻の中へ飛び込み…。

デュエマの夏はツッパリの夏。ジョーたちツッパリ番長7人が集結、ツッパリ激戦区の大番長を決める熱き闘いが勃発する。友情、裏切り、青春、決闘、全てが詰まったこの夏一番の大乱闘デュエマの幕が開ける。

今回は何と『デュエル・マスターズ!!』史上初、真夏の10本立て劇ジョーが開幕。主人公のジョーはもちろん、ジョーカーズ、ガイアハザード、博士たちがハチャメチャなショートストーリーを展開する。

ジョーが生み出したジョーカーズが、実はあんなところやこんなところで活躍していた!?数々のデュエマシーンの裏で奮闘するジョーカーズに注目し、実は頑張ったジョーカーズ大賞を決めることに。

キャップの兄・ギャップの狙い、それはゼーロの力を利用して水文明をリセットし、滅びることのないデータ世界として復活させることだった。水文明の未来を懸け、激しい兄弟デュエルの幕が開ける。

水文明の未来を懸けたデュエルに勝利したキャップ。しかし、倒したはずのギャップが新たな切札と共に復活を果たす。兄と水文明、大切なものを守るためにキャップは苦悩しながらも、再び兄とのデュエルに挑む。

遠く離れた文明の外側で前代未聞の大異変が起きた。突如発生した全文明を覆い尽くすほどの巨大なドラゴン型の星雲・ドラゴンズゼロ。五文明が侵略を受けるなか、ゼーロはドラゴンズゼロに降り立つ。

ギャップ、そしてゼーロに対抗する力を得るため、キャップはジョーが水文明クリーチャーを作り出せるようにデッキーをパワーアップさせる。そしてジョーは、水の力を持つあの相棒を生み出し…。

新たな切札を作り出したジョーの前に、ゼーロの配下である闇執事が姿を現す。デッキーの魂を人質に取った闇執事は、ジョーにデュエマの勝負を持ちかける。やがて、闇執事の真の目的が明らかになり…。

迷子になっていたウラギリハカセを連れて研究所を訪ねたジョー。しかし、研究所では伊集院ハカセの極秘データが盗まれる事件が勃発。ジョーは新たなジョーカーズを生み出し、犯人捜しを始めるが…。

大人に憧れるジョーは大人になれるジョーカーズを生み出すが、いざ変身したその姿は中年おじさんだった。大人の気持ちを体験できる夢の国「オトナーランド」で、ジョーは社会の荒波にもまれる大人の洗礼を受ける。

公園で遊んでいたジョーとキラは草むらでウラギリハカセを見つける。3人でかくれんぼの最中、キラとウラギリハカセは森で迷子になってしまう。一方、研究所ではジョーの研究データが盗まれる事件が発生する。

ゼーロを倒すために強くなりたいジョーは、キラやボルツたちと共にトレーニングジム「ゴールデンマスターズジム」へ向かう。さまざまな試練を乗り越えた彼らは、互いにデュエマで力試しをすることに。

ゼーロンが欲するままにコードヘブンを差し出すギャップ。ゼーロンを成長させるため、ドラゴンを食べさせたいゼーロは、ギャップに命じてジョラゴンを狙う。キャップになりすましたギャップはジョーに忍び寄る。

とらわれたキャップを救うため、ギャップとのデュエルに挑むジョー。ギャップはコードヘブンに加え新たなドラゴンを呼び覚ます。闘いが激しさを増すなか、キャップとギャップ、そして水文明の過去が明らかに。

闇文明との戦いに備え、ジョーとキャップはお互いの絆を強めるために伝説の塔・TTタワーに挑む。あまたの兄弟が頂点を目指しながらもかなわなかったというTTタワー。そこには恐るべき兄弟が待ち受けていた。

ついにゼーロのドラゴンが誕生しようとしていた。ゼーロがさらに強大な力を得るのを阻止するため、闇文明に向かう決意をしたキラは、かつて光文明のデュエルマスターだった父もゼーロと戦ったことを知る。

キラとゼーロによるデュエマが幕を開けた。キラの猛攻により次々とシールドを失っていくゼーロ。ついにあと一歩のところまでゼーロを追いつめたキラだったが、ゼーロはキラの知らない真実を突きつける。

目覚めてしまった闇文明のゼーロによって汚染されていく火文明。そんな火文明では今、クリーチャーが次々にゾンビ化する事件が起きていた。ボルツはカオスとなった火文明を守ろうとするのだが…。

キラを失ったショックでジョーはデュエマをやめる決意をするが、母・るるに闇文明の魔の手が迫っていた。一方、ジョラゴンはゼーロンに対抗する力をつけるため、水文明のキャップのところにいた。

ジョーのデュエマの相手は何と母・るるだった。ゲジスキーに毒を打ち込まれたるるは、催眠状態に陥り操り人形になっていた。母とのデュエマに戸惑うジョーを助けるため、デッキ－は秘策を打つ。

ゲジスキーとの戦いで突然暴走したジョラゴン。ゼーロを倒すためにジョラゴンの力が必要なジョーは困惑するが、そんな時、頼れる相棒・ジョニーが帰ってくる。だが、ジョニーはジョーにゼーロと戦うことを禁じる。

文明の力を混ぜた禁断の力により生み出された新たなジョニー。パワーアップした切札を手にし、その力を試したくて仕方がないジョーは、ゼーロとの対戦を前に、さまざまな相手とデュエマしまくる。

新たな切札を手に、いよいよゼーロのもとへ向かおうとするジョー。宇宙へ飛び立とうとしたその時、ジョーのロケットがUFOと激突。ロケットが飛行不能になり、悩むジョーたちの前に現れたのは…。

キャップのアアルカイトに乗り、闇文明を目指して宇宙へと旅立ったジョーたち。しかし、重力装置の故障で機内は無重力状態になってしまう。そして、なぜか1人また1人と仲間の姿が消えていき…。

ついにゼーロのいる龍頭星雲にたどり着いたジョーたち。しかし、今まさにゼーロンの闇の力が光文明のバリアを突き破ろうとしていた。全宇宙の命運を託されたジョーは、ゼーロとの最終決戦に臨む。

闇の軍勢と光の軍勢が激突するなか、火文明のボルツ、水文明のキャップも参戦。一方、全貌が明らかになった零龍（ゼーロン）の恐ろしい能力に、ジョーは相棒のジョニーやジョギラゴンと共に立ち向かう。

ジョーがゼーロを倒したことにより、キラが甦った。しかし、喜んだのも束の間、何とキラは記憶を失っていた。キラの記憶を取り戻すため、ジョーはこれまでのキラとの思い出を一緒に振り返るが…。

ゼーロが倒れ、クリーチャーワールドの平和は保たれたかに思えた。だが、水文明の未来は、まだキャップとギャップの間で揺れ動いていた。最後の決着をつけるため、兄弟デュエマの幕が静かに開く。

このところ、ジョラゴンはずっと物思いにふけっていた。心配するジョーに、ジョーカーズはジョラゴンが恋の悩みを抱えているのではないかと言う。そこでジョーたちは、ジョラゴンのために一肌脱ぐことにするが…。

ジョニーとジョラゴンという、かけがえのない2人の相棒を失ったジョーのもとに、自然文明の大長老から手紙が届く。自然文明を訪ねたジョーは、ももちゃんと一緒に大長老のもとへと向かうのだが…。

自然文明の大長老からレインボーの力を授かったボルツ。しかし、ひょんなことから火文明のクリーチャー「ロック・クロック・六九」の反感を買ってしまったボルツは、デッキを使えなくされてしまう。

デュエマでジョーに負けてばかりのシャチョーたち。ジョーに勝つため、シャチョーは父親の財力を注ぎ込んで学校をデュエマ決戦場に造り変える。そしてついに全校生徒対抗のデュエマ超天決戦が始まった。

ゼーロとの戦いの後、復活したキラだったが相変わらずジョーのことだけ思い出せずにいた。さらにジョーとの記憶をなくしたことで、非情な正義を貫く昔のキラに戻っていた。そんなキラと、ついに衝突したジョーは…。

光文明のため、友情よりも己の正義を貫くキラ。記憶を失ったキラを元に戻すため、真のデュエルに挑むジョー。キラの切り札であるサッヴァークを使い、キラを追い詰めるジョーの熱い想いがほとばしる。