デュエル・マスターズ！（2017年版 2期）

ある日、ジョーがキラを追ってたどり着いたのは未開の地「自然文明」だった。そこは木々が生い茂り、多くの植物や昆虫のクリーチャーが暮らしていた。はしゃぎ回るジョーだったが、トラブルが発生する。

ジョーに続いて自然文明に足を踏み入れたボルツは、ジョーと共に遊び回っていたが、この地ではタブーである火を使ってしまう。あわや大火事になろうとしたその時、自然文明ガイアハザードの1人、カブト鬼が現れた。

ジョーはももの家族からピクニックに誘われ、イラストレーターの父を持つももとお絵描き大会をする約束をしたが、2人とも画用紙を忘れてきてしまう。ジョーは自由に紙を生み出せる「ガヨウ神」を作るのだが…。

ジョーが行きつけのラーメン屋の味を盗もうとするシャチョー。これに気づいたジョーと親父が阻止するが、シャチョーの逆恨みを買ってしまう。ラーメン屋の客を横取りするため、シャチョーはライバル店を立ち上げる。

山で出会った少年・トンボと謎の少年・トテントを町で見かけたジョーは、声をかけるがすごい勢いで逃げられてしまった。トンボたちがデュエルウォーリアではないかと疑い、ジョーは2人の後を追う。

商店街の福引きで旅行を当てたるるは、ジョーとぴょんこ姫たちとクルージング旅行を満喫していたが、ひょんなことからジョーが無人島に吹き飛ばされてしまう。孤島に取り残されたジョーのサバイバル生活が始まる。

何に対してもOKしか答えられなくする恐るべき能力を持つ「オッケーBros」。生みの親であるジョーはおろか、街中の人々を完全なイエスマンへと変えていく。そんな状況にウサギ団は目をつけ、行動を起こす。

自然文明に流れ落ちる謎の黒い星。触れた者をどこかへと消し飛ばす星の正体は、ゼーロが仕掛けたわなだった。トンボは黒い星に触れてしまい、闇文明に飛ばされる。そこにはゼーロとの闇のデュエマが待ち受けていた。

自分の考えたヒーローが映画に出演することができる「最強ヒーローコンテスト」が行われる。ジョーは映画デビューを目指し、今まで作ったジョーカーズの中から代表を1人決めることにするのだが…。

ジョーの前にゼーロの手下・ゲジスキーが姿を現した。自在にクリーチャーを作り出すジョーに興味を抱き、実験と称して次々とジョーカーズを毒で襲い、ついにはデッキーまでもその毒牙にかかってしまう。

新作ゲームを求めてショッピングモールに向かったジョー。なぜかそこに自然文明ガイアハザードの1人、ミノマルが居あわせ、ジョーが作り出したゲームのクリーチャーを攻略すべくタッグを組んでゲームに挑むが…。

ミノマルは「ゼーロと友達になる」と言い残し、自ら黒い星に触れて闇文明へ出向く。そこでミノマルは、待ち構えるゼーロと対峙。破壊と和平を懸けた真のデュエルが幕を開け、ミノマルは願いをかなえるべく挑む。

自然文明ガイアハザード四天王の1人、ミノマル対ゼーロによる真のデュエルは激しさを増す。ミノマルはマスターカードで応戦するも、戦いの最中でも劇的な成長を見せるゼーロを前に、次第に追い詰められていく。

いつも平穏なジョーカーズ島で事件が発生。デッキーが何者かに殺害され、後頭部の殴られた跡にはラーメンの器の模様があった。探偵に成り切るジョーと、お化けになったデッキーが捜査に乗り出す。

自然文明ガイアハザード四天王の1人、カブト鬼にデュエマの借りを返すため、ボルツは自然文明に乗り込んで真のデュエルを挑む。両者、互いの切り札を使って激しくぶつかりあい、一進一退の攻防が繰り広げられる。

相棒のデッキーと共にジョーカーズを作り出す小学4年生のジョーが、カブト鬼とついに激突。互いの信念をぶつけあい、激しい戦いを繰り広げるなか、追い詰められたジョーの耳に届いたのは、アイツの声だった。

待ちに待った夏休み。超大作の映画を作るため、デュエマ映画化計画を始動させるジョー。一番の目玉である最強の敵役オーディションを開催したところ、集まったのは一癖も二癖もある連中だった。

ジョーはデッキーに、夏休みの自由研究として半ば強引にプロレス観戦に誘われた。そこにたまたま居あわせたウサギ団とシャチョーたちのいざこざから、なぜか3対3のプロレスデュエマ合戦へと発展してしまう。

ジョーの相棒・デッキーにはまだまだジョーの知らない秘密が隠されているのだった。腹痛に悶えるデッキーを救うため、ジョーはジョラゴン出産以来2回目となる、デッキーのお腹の中に足を踏み入れる。

カバまろのくしゃみにより、なぜか自然文明へワープしたウサギ団。流れ着いたのはガイアハザードの1人、でんでんが侵入者用にわなを仕掛けたテーマパークだった。ウサギ団は高額時給に釣られて入り込んでしまう。

1年間の町内清掃を懸けた運動会が開催される。白組のジョーはボルツを助っ人として呼び出す。これに対し、シャチョー率いる赤組は、財力を生かして世界レベルの助っ人・シンタローをスカウトしていた。

自然文明の秘宝を求めて冒険に出発するジョーとボルツ。案内役として生み出したジョーカーズ「ジャンゴ・ニャーンズ」のガイドで自然文明を突き進む2人だったが、その道は長く険しいものだった。

自然文明を破壊するためゼーロが生み出した闇卵。それを仕掛けるべく自然文明に向かうゲジスキーだったが、危機を察知した女王の指示によりハニーQが立ちはだかる。そこでハニーQの秘められた力が明かされる。

ゲジスキーは真の力を解放したハニーQに敗れた。しかし、ハニーQはゲジスキーの仕掛けた闇卵に気づくことはできなかった。同じ頃、キラはついに探し求めていた伝説の剣・メシアカリバーを手に入れる。

ゼーロに仕えるマッドサイエンティストのゲジスキーは、デュエルの最中にどこか余裕を見せる。何と、キラの母親を人質として捕らえていたのだった。動揺するキラに対してゲジスキーは猛攻を続ける。

小遣い目当てに謎の工場にお手伝いにきたジョー。しかし、そこはゲジスキーが仕掛けた闇の瘴気を生み出す工場なのだった。同じく小遣い目当てで来ていたウサギ団は、偶然にも工場の仕掛けに気づくのだが…。

自然文明から遊びにきていたミノマルは、自然文明に帰そうと必死になるジョーをよそにどんどんももと仲良くなっていく。いつまでたっても帰ろうとしないミノマルに、ジョーはデュエマ勝負を仕掛ける。

自然文明にかつてない危機が迫っていた。突然、闇の巨大生物、メガロ・デストロイトが現れ、自然文明に毒ガスをまき散らして大地を汚染していたのだ。異変に気づいたジョーとミノマルは、止めるため突撃を試みる。

最優秀賞には世界一周旅行が贈られる「書道コンクール」が開催される。相棒のデッキーと共にジョーカーズを作り出す小学4年生のジョーは、新たなジョーカーズ「ふでがき師匠」を作って書道の練習に励むのだが…。

自然文明の汚染を止められずミノマルも行方不明になり、ジョーは落胆。そんなジョーから自然文明の危機を知らされたキラとボルツは、ジョーに代わって自然文明を救うべく乗り出すのだが、侵入者と勘違いされる。

友人のために戦うキラ、ボルツに対して、自然文明のために戦うハニーQ、でんでん。両者互いに譲らず、デュエマで激しくぶつかりあう。そして、ジョーは行方不明になっていたミノマルを発見するのだが…。

シャチョーは、父親が会社社長でお金持ちゆえにそう呼ばれている。彼が持っていたVRゴーグルに憧れたジョーは、最高のVR体験をすべく新たなジョーカーズ「Vチャロン」を作り、VRゲーム世界に入り込んだ。

自然文明を汚された悲しみと怒りから、ミノマルは怒りの戦士・ミノガミへと生まれ変わり、その怒りはかつて敗れたゼーロに向けられた。ミノガミ対ゼーロによる自然文明の存亡を懸けたデュエルが幕を開ける。

クリーチャーを生み出す能力を持つデッキーと相棒・ジョーカーズを生み出し、ライバルたちとのデュエルに挑むジョー。彼は自然文明で相棒・ジョニーの形跡を見つけ、ジョニーへの募る思いを胸に探索し続ける。

ジョニーが探していた宿敵とは、ジョーが闇工場で敗れた相手、メッサー・シュミットだった。1人で乗り込むジョニーを追い、ジョーも再び闇工場へと向かう。そして、ジョー＆ジョニーのコンビがついに復活する。

闇文明に人質に取られていたメッサーの仲間を救い出すため、ジョーは闇の工場長・ゲオルグとのデュエマ対決に挑む。パワーアップしたジョニーを使い、終始ゲオルグを圧倒するジョーだったが…。

覚醒したミノガミの力はすさまじく、自然文明の大地をも破壊していく。その暴走を止めるべくカブト鬼が説得に向かうが、声が届くことはなかった。そして、禁断のガイアハザード同士のデュエマが幕を開ける。

ミノガミとカブト鬼のデュエマが激しさを増す一方で、自然文明を救う鍵である姫の正体はももだった。文明に連れていこうとするトンボたちを振り切り、混乱しているももを励ますため、クリスマスパーティを開く。

ジョラゴンは、生まれて初めての正月ムードを味わうためデッキーの中へと里帰りしてしまう。ももを捜すのにジョラゴンの力を借りたいジョーは、「ジョーカーズ新年会」を開いてジョラゴンの気を引こうと試みる。

ミノマルが生まれ変わった怒りの戦士・ミノガミと、バラギアラの暴走は続いており、自然文明は壊滅状態だ。ジョーはミノガミを止めるため、ジョニーと共にジョラゴンの新必殺技を生み出す特訓を開始する。

荒れ果てた自然文明に追い打ちをかけるかのように、ゼーロまでもが自然文明に侵入してくる。各地で衝突が起こり、混乱が続くなかでキラとボルツの助けを借り、ついにジョーとミノガミのデュエマが幕を開ける。

相棒のデッキーと共にジョーカーズを作り出す小学4年生のジョー。彼は、バラギアラを使ったミノガミのすさまじい猛攻を受ける。絶体絶命の状況で、ジョーは特訓で生み出した新必殺技を放つのだった。

絶体絶命の状況で新必殺技を繰り出した小学4年生のジョー。その後彼は、るるからたくさんお手伝いを頼まれたので、新たなジョーカーズ「名犬機ワンコピー」で自分のコピーを量産し、肩代わりをさせようとするが…。

2月14日。ジョーの街では尊敬する相手にふんどしを贈るハッピーふんどしデーの催しが行われていた。だが、ジョーは誰からもふんどしをもらえず、新たなジョーカーズ「ベタボメガホン」で自分を宣伝しようと試みる。

水文明で新たな力が目覚めていた。闇文明のデュエルマスターである闇の王・ゼーロの前に突然現れた水文明からの使者・キャップ。そして、謎のゾーンを使うキャップ対ゼーロのデュエマが始まるのだった。

相棒のデッキーと共にジョーカーズを作り出すジョーが南の島で遊んでいる時、謎の少年・キャップが現れた。自らを水文明のデュエルマスター候補だと名乗り、ジョーに新たな力「超ガチャレンジゾーン」を伝授する。

ジョーはジョラゴンをメカ化してパワーアップさせようと図るも、今のデッキーでは力に耐えることができなかった。そこでデッキーは自らの尻強化のため、遠く離れた「メカの星」を目指して宇宙の旅に出る。

相棒のデッキーと共にジョーカーズを作り出すジョー。彼は、デッキーが激しい戦いの末に入手した鋼鉄のケツ「鉄ケツ」を使い、新たなジョラゴンを生み出そうとし、トラブルに見舞われながらもついに完成させる。

ジョーとキャップが遊んでいるところに出くわしたキラは、キャップから超GRゾーンを教わり、切り札のサッヴァークをパワーアップさせる。同じ頃、街にいたシャチョーたちは、怪しい考古学者を見つける。

ジョーがミノマルの暴走を止め、自然文明は平和を取り戻したかに見えたが、闇の侵攻により力を使い果たした女王は再び倒れてしまう。自然文明を救うため、ガイアハザードたちは姫であるももを連れ去ろうとする。

自然文明の存続を左右するももをめぐり、ジョーとミノマルの本気のデュエマの幕が上がる。友達を守りたい想い、文明を救う使命、両者の思いが激しくぶつかりあう。そして、ももが最後の決断を下した。