B-伝説！ バトルビーダマン

異世界ビーダワールドの田舎町･カウトゥーンで暮らす少年･ヤマト。誕生日を迎えた彼の前にグレイという名の少年が現れる。伝説のビーダマン･コバルトブレードを探しているというグレイにヤマトは追い詰められ…。

強いビーダマンを集めているブルは、ヤマトのコバルトブレードを手に入れようとするが、グレイに妨害される。一方、特訓中のヤマトは強い相手がいないと調子が出ないため、グレイを捜しに行くことに。

ヤマトはグレイにまだ見ぬ強豪の話を聞き、戦いたいと意気込んでいた。そして隣町にあるBコロシアムへグレイ、ブルと共に出掛けることに。そこでヤマトは、初めてビーダマンの競技ルールを教わることに。

ウェンとリーのビーダー兄弟の話を聞き、デビル･ザ･ロックの頂上を目指すヤマトたち。しかし決められた時間内に頂上に着かないとデビル･ザ･ロックは崩れてしまう。ヤマトたちは力を合わせて罠をクリアするが…。

連射と正確な狙いを同時に実現する爆烈龍の攻撃を、動物的な感でかわすヤマト。ウェンとリーはさらなる技を繰り出してくるが、ヤマトは1発のビーダマが氷の柱に当たったことをヒントに勝機を見出す。

グレイに騙されて落ち込むヤマトにミエは1冊の本を見せ、ビーダーの心意気を思い出させる。ビーダーは勝負してこそビーダー。もう一度グレイと戦うため、ヤマトは賢者･アルマーダの下で修行するべく旅に出る。

アルマーダの下で修行に励むヤマトとツバメ。そんなある日、ヤマトは最強のビーダーを決めるビーダマン･バトルリーグ「ウィナーズ」のことを知る。ヤマトはアルマーダから条件付きで参加を認められるが…。

ウィナーズ予選会場では多くのビーダーたちがひしめき合っていた。そんな中、ヤマトは母親･ミエと再会する。感動の再会と思いきや弁当売りを手伝わされることに。その様子をウェン＆リー兄弟は冷ややかに見つめ…。

予選通過の16人が決まり、明日は決勝大会が始まる。第1試合にはヤマトとブルが選ばれ、ヤマトは喜びのあまりブルを捜して宿舎内を駆け回る。しかし、ブルと親しげなヤマトを見て、ツバメは疎外感にとらわれる。

第1試合は、パックを撃ち合い相手の陣地へと押し込むバトルホッケー。不安定な足場で危なっかしいヤマトとは対照的に、ブルは身じろぎもせず沈黙。だが、アババの念を受けたブルは、邪悪なオーラを立ち上らせ…。

現れた炎呪の持つブラッディカイザーは、コバルトブレードの兄弟機だった。しかし、その手口の酷さにヤマトは怒り、ビーバトルで必ず勝つと息巻く。その後、町へ出たヤマトは、バークハートというビーダーに出会う。

大会2日目、グレイやウェンたちシャドウのビーダーは順当に勝ち進む。ツバメはそれを目の当たりにし、技術とパーツ選びの重要さをアルマーダに諭される。そして、いよいよバークハートと炎呪の試合が始まるが…。

順調に勝ち進むヤマトを苦々しく思うアババ。そこへリーがコバルトブレードを奪う策を提案する。それは試合前の油断を突く策で、早速隙を狙うリーだったが、そこでカフェのアルバイトを探すミエに捕まってしまい…。

シャドウの罠により傷ついた翼影丸は、試合に耐えられる状態ではなかった。だが、ツバメは試合を諦めない。そこでヤマトは自ら予備パーツを宿舎に取りに行くと申し出るが、パーツをシャドウの部隊に奪われてしまう。

ベスト8が決まり、選手の休養のため大会は一時中断。ヤマトはここぞとばかりに、食べて寝て練習しての生活を繰り返す。だが、度が過ぎてしまいミエたちの弁当売りもむなしく一文無しという状況になってしまう。

あと二つ勝たないと賞金がもらえないヤマトたちは、空腹に耐えかねバイトをすることに。だが、ヤマトやアルマーダのおかげでことごとく失敗。そんな中、バイトを成功させたブルはキャラットというお嬢さまに出会う。

第2のフィールドを落としたヤマトたちの敵は今や空腹だった。ツバメは食事係として奮闘するが、ヤマトの不用意な言葉でみんなの下を飛び出してしまう。そんな中、ツバメはスライに美味しいスープをごちそうになる。

賞金獲得のためには後のないヤマトたち。空腹にあえぐ彼らを横目に、以前助けたキャラットから食事を差し入れしてもらっていたブルは一人元気だった。だが、BブルとFブルはこの状況に異なる意見を持っており…。

恋よりも友情を取ったブルにより賞金まであと一歩と迫ったヤマトたち。だが、空腹は限界で、最後の試合を前にしてもヤマトは全力を出せそうにない。そこへ、キャラットの父･ワット卿の迎えがやって来て…。

本調子が出ず、カインの猛攻の前に気を失ったヤマトをカインは自ら介抱する。一方、ワット卿はさらったブルの性格を電気ショックで直そうとするが、全く効果がない。キャラットはブルを助けようとするが…。

賞金を手に、ウィナーズ後半戦に向けて英気を養うヤマトたち。だが、ヤマトの普段にも増した無邪気な振る舞いは緊張感の裏返しだった。試合前日、偶然街中で擦れ違ったヤマトとグレイは最高の勝負を約束する。

ヤマトとグレイは互いに譲らず、最初のラウンドは引き分けに終わる。インターバルにグレイはクロムゼファーを調整し、対するヤマトは空腹を満たして準備万端。そして、続く第2ラウンドも全くの互角で終わり…。

僅差で勝利したヤマトに続き、ツバメの出番がやってくる。対するはシグマだが、何とアババの手により別の選手と入れ替えられていた。その選手は試合が始まると自分のビーダマン･ガーネットウインドを取り出し…。

リエナを救出するため、シャドウのアジトへ乗り込むヤマトたち。しかし、そこはシャドウの地獄の特訓場でもあった。訓練に耐えられずアババの魔力源として水晶に封じられた訓練生を見て、ヤマトは怒りに燃える。

リエナ救出を喜ぶヤマトたちの元に、5大フィールドが現れ、カインはウィナーズでの健闘を称えてごちそうを振る舞う。その時、シャドウの策略でウィナーズを棄権になり、ビーダマンまで失った本物のシグマが現れる。

カインとの戦いで砕け散ったコバルトブレード。落ち込むヤマトにアルマーダは、かつて自分がコバルトブレードに込めた願いと、ヤマトが真のビーダーとして選ばれた人間なのだと話す。そして、ヤマトは再び立ち直る。

コバルトセイバーを手にしたヤマトはウィナーズ会場へと舞い戻る。だが、準決勝の相手･リエナは一大決心と共に権利を放棄し、ヤマトの対戦相手にグレイを指名。シグマがそれを後押しし、待ちに待った勝負が始まる。

続く準決勝第2試合はシャドウ同士、炎呪とウェンの対決だ。だが、勝利を譲れという炎呪に対し、ウェンは勝利宣言をする。ヤマトとグレイの熱い戦いは、ウェンの心も動かしていたのだ。そして試合が始まり…。

ウィナーズ決勝を前に、ビーダマンゼロ2システムの設計図を燃やすアルマーダ。それはブラッディカイザーのように悪用されないためだった。だがシャドウの親玉･マーダビィはその力を奪うよう、アババに命ずる。

マーダビィの力で生まれ変わったブレイジングカイザー。それは炎呪と共にヤマトを上回るパワーを見せた。しかし、それ以上に凄まじいのはビーダーやビーバトルに対する憎悪だった。ヤマトはその理由を問う。

凄まじいパワーでヤマトを圧倒する炎呪とブレイジングカイザー。だが、ヤマトも対抗する。そこで繰り出したのはグレイの技･超速十連打！炎呪はパワーでこれを防ぎ切るが、バーニングマグナムで追い討ちされ…。

長い戦いを終え、賞品の車で帰途に就くヤマトたち。まずはグレイたちの故郷･ウィントゥーンを訪れるが、そこは廃墟と化していた。誰の仕業なのか分からないまま、一行はカウトゥーンへ戻ることにする。

みんなのビーダマンをメンテナンスするアルマーダ。興味深そうに見ているブルに、アルマーダは試しにコバルトセイバーをメンテしてもらうことに。だが、短気な炎ブルはコバルトセイバーをバラバラにしてしまい…。

シャドウの残党だったサウスとノウズの力により、ヘリオブレイカーを壊されてしまったブル。彼らが故郷の町を潰した犯人だと知ったグレイは闘志を燃やすが、特訓の最中にクロムゼファーに異常が起こり…。

ブルにより新型ビーダマン“クロムレヴァン”が誕生。コバルトセイバーも復活し、反撃に出るヤマトとグレイ。兄貴分のサウズも加勢して勢いを見せる彼らに対し、ロングホーンブラザーズは卑怯な手を使おうとする。

ネオシャドウを結成し悪の企みを実行すべく動き出したマーダビィ。一方、ヤマトたちの下にはウェン＆リー兄弟がボロボロの姿で現れ、マーダビィの動きを知らせる。企みの内容を聞いたヤマトは、倒しに行こうとする。

マーダビィの手掛かりを追うヤマトたちは、道中で武者修行中のアッサードと出会う。5大バトルフィールドでカインの本性を知らずに手助けしていたことを気に病むアッサードは、ヤマトを家に招待するという。

次の目的地･ライケーンへ向かうヤマトたちだが、迷って行き倒れそうになっていた。そこへ偶然にもウェンとリーが現れた。ライケーンは2人の故郷だったのだ。街に到着すると、そこは豪華な料理で溢れていて…。

ヤマトたちを追って旅するミエたちキャットカフェ一行は、車の燃料切れのためワイギースの町に立ち寄る。ネオシャドウのジゴックに支配され、ビーダー特訓所と化していたその町で、スライと再会するが…。

西を目指すヤマトたちは海に突き当たり、やむを得ず密航することに。だが、乗り込んだ船は何と海賊船だった!?密航がバレてサメの餌にされそうになるが、グレイの風読みが船の危機を救ったことから交流が深まり…。

ヤマトたちはニャトランティス島で道に迷ってしまい、行き倒れかけていたところを通り掛かった観光バスに助けられる。ヤマトは高級ホテルのオーナーに頼まれグレイとのエキシビションマッチをすることに。

マーダビィの手掛かりを追ってツバメの故郷･ツバクラの里へやって来たヤマトたち。ヤマトと共にツバメは両親からマーダビィの伝承を聞くが、謎は深まるばかりだった。その夜、ヤマトたちは刺客に襲われ…。

ツバクラの里襲撃の失敗を挽回するため、再び配下に里を襲わせる炎呪。里の者を率いて迎撃に出る鉄之介は、現れた三つ目のビーダー･サイゾーに苦戦する。そこへついに瞑想を終えたツバメが現れる！

ついに世界侵略を開始したネオシャドウ。ビアスの手には、倒したビーダーの魂を奪い石にしてしまう邪悪なビーダマン“メガディアブロス”が握られていた。伝令を受けたヤマトたちはウィナーズ会場へと向かう。

ビアスに敗れながらも石化せずに済んだヤマトは、傷を癒やすためグレイたちと温泉に来ていた。弱ったヤマトを狙い出撃しようとするカインを止めたバトラーは、ヤマトたちにカインを救ってほしいと申し出る。

バトラーの思いを踏みにじったカインに、グレイは怒りの猛攻を加えていく。しかし、カインは残忍な笑みと共に新たなビーダマン、ロード･キャバリーを取り出し、自らの手でブラックナイトを壊してしまう。

ネオシャドウにより、今やヤマトたちはお尋ね者となったが、ネオンシティだけは毒されていなかった。そのネオンシティでヤマトたちはキャラットと偶然再会し、マーダビィを倒す“ビーエナジー”の手掛かりを得る。

巨大要塞･マーダビィ城がネオンシティへ向け侵攻を始めた。ヤマトたち4人はマーダビィを攻略するため、ビーエナジーを求めてネオンシティの地下神殿の奥へ向かう。そして巨大なネコ神像の前へたどり着く。

戦いの末、今や残ったのはヤマトたちのみとなったが、ひるまずマーダビィ城へと乗り込んで行く。敵の姿がないことを警戒するグレイ。気配を感じたウェンが皆を先に行かせて一人残ると、洗脳されたリーが現れる。

ヤマトたちの前に立ちはだかったカインは、自分の目的のためにマーダビィを利用し、それで世界が滅ぶならそれでも構わないと言い放つ。そんなカインにグレイは単身戦いを挑み、どんなに傷ついても諦めずに…。

先へ進むヤマトとツバメの前に現れたのは炎呪だった。しかし、マーダビィに掛けられた洗脳で完全な戦闘マシンとなった彼にヤマトたちの声は届かない。城壁をも打ち砕く邪悪なシュートに2人は翻弄されるが…。

最強のビーダー･マーダビアスの攻撃は熾烈を極め、ヤマトは大ピンチに。だが不思議な力を宿したタメゴローが割って入り、九死に一生を得る。グレイたちと再会したヤマトは、大首領･マーダビィ誕生の理由を知る。