The SoulTaker ～魂狩～

雪の舞い散る教会。何者かに襲われ瀕死の母に胸を刺される京介。薄れゆく意識の中、京介の体内を覚醒の鼓動が貫く。京介は岬真夜に救われるも、”ホスピタル”の刺客ドクトル狂也に襲撃を受け、真夜は巨大企業・桐原グループに誘拐される。次々と起こる異常事態。謎の男シローの口から明かされる衝撃の真実。京介は真夜を奪い返すため桐原の海上基地を目指すのだが・・・

母は何故、殺されたのか?自分は一体何者なのか?京介の苦悶は晴れない。桐原の研究チームに拉致され様々な人体実験を受ける真夜。悲痛の叫びは夢となって京介に届く。夢の中、桜吹雪舞い散る江戸の町で再会を果たす京介と真夜。しかし真夜は「ありがとう」と言い残し姿を消す。不安に駆られた京介はシローの制止もきかず、夢の光景を手がかりに、桐原の施設『映画村』に単身乗り込む・・・

母の真意を知るため舞い戻った教会で、京介は桐原に追われる少女と出会う。少女は生き別れの妹、琉奈と名乗り、水脈を殺害したのは桐原であると言う。少女を追って現れる桐原の”戦闘霊柩車”。彼女を巡る攻防の中、傷付いてもソウルテイカーに変身しようとはしない京介。京介が変身をためらう理由は・・・

山林に囲まれた全寮制の女子高等学校。そこにフリッカー・橘沙也佳の姿があった。京介の優しさに心惹かれホスピタルを離れた小麦は、彼女を警護すべく学校への潜入を志願する。小麦に警戒心を示すシロー。だが京介は提案を快く受け入れる。しかし、ホスピタルの刺客、サイコドクター・鳴神が密かに行動を開始していた…

桐原の基地に潜入し、フリッカー・霞を奪回する京介。シローと小麦は桐原の”フリッカー探知機”を破壊するため、別行動をとる。逃走の途中に奇襲を受け桐原の基地内部実験都市に迷い込む京介。待ち構えていたのは”ホスピタル院長”リチャード。リチャードはソウルクラッシャーに変身し京介を強襲する!!

父リチャードとの死闘から脱出を果すも、成層圏を落下し窮地に陥る京介。しかし、京介が目を覚ますとそこは古城の中であった。そこで京介は、ホスピタルの怪人ザボーと寄り添うようにひっそりと暮らすフリッカーの少女、恵と出会う。京介を兄と慕う恵。ようやく兄妹としての意識が芽生え始めたころ突然、恵が京介に牙をむく!

灯火をのせた無数の精霊舟が流れる川べりで、京介が逢ったのは母、椿だった。椿を母と呼ぶことにためらいを感じる京介。リチャードの言うように、今回の悲劇は全て椿が仕組んだのか?そしてフリッカーが生まれたのは、琉奈を守りたいが為の椿のエゴなのか?しかし椿はそれを否定する。京介の質問を遮り、微笑む椿の心中は?

フリッカーとの感応力を失った京介は、手がかりを求めて父であるリチャードのもとを訪ねる決心をする。しかしホスピタルは既に桐原の攻撃を受け、壊滅した後だった。「ついにアレが完成したのか」狼狽したシローは、京介たちを桐原の施設跡へと案内する。京介の母、水脈の死に隠された真実とは?!そしてシローの言うアレとは・・・。

ほのかに思いを寄せた岬真夜の姿を持つ人造ミュータント・ソウルアヌビスの攻撃に、京介は戦えず、ひたすら耐え続ける。又その正体を知ったシローの脳裏に、かつての忌まわしい記憶が蘇る。苛烈なアヌビスの攻撃の最中、京介には今までとは違う、黒い衝動が宿りつつあった。一方、テイカーとアヌビスの戦いの結果を待つ事なく、その場を立ち去る夕映は軌道エレベーター上に設けられた需要施設に向かう。そこには・・・

ソウルテイカー抹殺の失敗。加えて半壊した桐原本社。その強引な手法に桐原グループ内での反発の声が上がる。夕映は次第にその立場を追われつつあった。その頃、桐原の軍事施設が次々に襲われる。そして現場に残された”Hospital”の文字、それはリチャードが桐原のみならず京介にも向けたメッセージであった。果たして再会した二人は、互いに言葉では伝えられない思いを胸に、父子最後の戦いの幕が上がる。

全ての謎の答えを求め、京介と小麦は月の第8コロニーへと向かう。謎の鉄腕メカの奇襲、更には、助けたはずのフリッカー達の攻撃。それらの攻撃から逃れる中、包帯の怪人と出会った二人は、京介の祖父、時逆大悟の存在を伝えられる。βアプリコンの悲劇、桐原夕映の真の目的、そして遂にその姿を現した妹・琉奈。今、謎は急速にその醜い姿をさらし始める・・・

包帯の怪人の正体は、時逆大悟に召喚された水脈の魂だった。全ての元凶、βアプリコンの惨劇を引き起こした大吾は贖罪の念から。対エイリアン兵器ソウルキラーと融合。破壊ウイルス、アプリコンバスターによってエイリアンとなった琉奈の抹殺を目論む。そしてついに京介の前に現れた妹、琉奈に対して大吾はアプリコンバスターを抱え、琉奈もろとも自爆を図る。琉奈の救出を願う京介に、母・水脈が示した最期の愛とは?

人類を敵とみなす琉奈を、大吾の手から救った京介は、やはり完全な悪魔に、エイリアンとなってしまったのか。そして他のフリッカー達やソウルアヌビスと融合し完全体となった琉奈は京介を「二人だけの世界=人類の抹殺」へと誘う。果たして人類を救う為、妹・琉奈を抹殺するのか?それとも人類の敵となり、琉奈と二人の新たな世界を創造するのか?そして京介が選択した答えとは・・・